2022/09/03

FigTree の使い方

メモ、まとまってきたら Ultrabem-3 にページを作る。

FigTree による系統樹の可視化

MrBayes のアウトプットである input.nexus.con.tre はテキストファイルで、taxlabels と translate という部分に配列の名前がある。translate の方には , が最後についている。ここの名前を変えれば、配列の名前を変えることができる。

FigTree で Selection mode を変えることで、Node, Clade, Taxa を選択することができる。Taxa を選択して Annotate を選び、Name を変えることで、系統樹の Taxa の名前を変えることができる。もとのデータを完全に書き換えるわけではなく、old_name という部分が old_name[&!name="new_name"] という形に置き換わり、new_name が表示されるようになる。

Taxa を選んで Color を変えると、文字色を変えることができる。
2021/10/08

Mac: EndNoteをアップグレードしたら、古いバージョンは捨てていいのか

タイトル通り。これがしばらくわからなくて、Mac の中に古い EndNote が溜まっていたが、公式ページで以下の記述を発見。

The upgrade version of EndNote is a fully independent installer which does not require a previous version installed, though you will need your serial number from the previous version. The EndNote upgrade installer will install a complete set of program files.

つまり削除して良いということ。アンインストール方法は、AppCleaner を使うと最新版のライブラリ等まで消されそうでちょっと不安だったので、単にフォルダをゴミ箱へ移動するだけにした。
2021/04/24

Microsoft Teams で、新しく追加した参加者だけに招待を送る方法

50人弱の参加者がいるミーティングを、最近 Microsoft Teams で主催した。そのときの覚え書き。

最初に招待を送った後に参加者を追加し、新しく追加した人だけに招待を送りたかったが、なんとこれが難しい。右クリックとかで簡単に invitation を送れるかと思ったが、そうではなかった。

まず、Teams からはできない。Outlook を使う必要がある。仕方ないので Mac にインストール。

下のリンクに方法があるが、まず全員を選択して Send をクリックした後に、「全員に送るか、新規に追加した人だけに送るか」を選ぶウィンドウが出る。これは良くない。数年前からこうなので、改善する気はなさそうだが、なんとかしてほしいところ。

https://www.extendoffice.com/documents/outlook/2078-outlook-send-meeting-updates-to-one-person.html

2019/11/12

Macへのbowtie2のインストール(古いバージョン)

Mac に Bowtie2 をソースからインストールしたときの記録。
実際は homebrew を使ってインストールすると一発なので、本サイトはそのように書き換えた。古い情報だが、消すのももったいないのでブログに保存。

新しい情報にアクセスするには、サイドバーのサイト内検索から "bowtie2" と検索して下さい。


-----
Bowtie2 manual に従い、-source.zip という圧縮ファイルをダウンロード・展開し、cap3 とかを置いている専用のフォルダに移す。

以下のように Path を指定し、まずマップ先となる INDEX の作成を試みる。
bowtie2-build -f sequence.fasta SEQ
sequence.fasta がインデックスにする配列で、リードのマップ先の配列である。-f オプションで指定する。SEQ はこの fasta ファイルから作成するインデックスの名前で、以降は SEQ というインデックス名で貼り付け先を決定していくことになる。


しかし、以下のようなエラーが 3 項目ぐらい出てくる。
File "/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/subprocess.py", line 522, in call return Popen (*popenargs, **kwargs).wait()


エラーでググって、このページ にたどり着く。Homebrew および GNU コマンドラインツール というのが必要らしいので、Homebrew のページ にある以下のコマンドを実行。
/usr/bin/ruby -e "$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/install/master/install)"


パスワード入力を求められ、多少の時間がかかる。Homebrew が無事にインストールされると、ターミナルの画面に新しく使えるようになったコマンドのリストが現れる。


.bashrc の編集
.bashrc に以下の行を追加。シェルスクリプトと vi エディタ のページを参考に。
i で編集モードへ、追加後に Esc でコマンドモードへ戻る。:wq で保存して終了。cat .bashrc で編集内容を確認できる。
export PATH="$(brew --prefix coreutils)/libexec/gnubin:/usr/local/bin:$PATH"


Python などのインストール
次は、bowtie2 のフォルダで make を実行したいのだが、これをやると色々とエラーメッセージが出てくる。
エラーメッセージと Google を参考に、以下のことを全部やると make できるようになったが、どれが本当に必要だったのかわからない。たぶん brew install bowtie2 じゃないかと思うが、確証はない。
brew install make
brew install bowtie2
brew install python
さらに、このページ から Python 2.7.13 をインストール。これは、普通にインストールパッケージをダウンロードして、それを実行する。
いったんターミナルを終了し、立ち上げる。source ~/.bashrc で .bashrc ファイルを読み込む。


make の実行
以上を行うと、bowtie2 folder に移動して make がエラーなく実行できるようになった。
確認のため which bowtie2 を実行すると、/usr/local/bin/bowtie2 となり、bin にインストールされていることがわかる。


Samtools のインストール
bowtie2 の結果を解析するためには、Samtools が便利なので、ここでインストールしておくと良い。
brew install samtools で OK。
2018/01/31

EndNote X8 にアップグレード

EndNote X7 からのアップグレードの記録。

  • X7の product key があれば、アップグレード版を1万円ぐらいで購入できる。
  • インストールには、X7 と X8 のシリアルを両方記入する必要がある。
  • インストール後、X8.2 などへのマイナーアップグレードが無料でできる。
  • Mac Word 2016, High Sierra で使えるのは、現時点では X8 のみのようだ(プラグインの話)。
  • インストールすると、とくに再起動したりしなくても、Word 2016 に EndNote X8 のタブが現れる。

個人使用の範囲であれば、1 ライセンスあたり 3 台のパソコンにまでインストールすることができる。


PC が壊れた場合に、新しい PC にライセンスを移行する方法は FAQ では見つからなかった。おそらくサポートに問い合わせることになるのだろう。