2019/11/12

Macへのbowtie2のインストール(古いバージョン)

Mac に Bowtie2 をソースからインストールしたときの記録。
実際は homebrew を使ってインストールすると一発なので、本サイトはそのように書き換えた。古い情報だが、消すのももったいないのでブログに保存。

新しい情報にアクセスするには、サイドバーのサイト内検索から "bowtie2" と検索して下さい。


-----
Bowtie2 manual に従い、-source.zip という圧縮ファイルをダウンロード・展開し、cap3 とかを置いている専用のフォルダに移す。

以下のように Path を指定し、まずマップ先となる INDEX の作成を試みる。
bowtie2-build -f sequence.fasta SEQ
sequence.fasta がインデックスにする配列で、リードのマップ先の配列である。-f オプションで指定する。SEQ はこの fasta ファイルから作成するインデックスの名前で、以降は SEQ というインデックス名で貼り付け先を決定していくことになる。


しかし、以下のようなエラーが 3 項目ぐらい出てくる。
File "/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/subprocess.py", line 522, in call return Popen (*popenargs, **kwargs).wait()


エラーでググって、このページ にたどり着く。Homebrew および GNU コマンドラインツール というのが必要らしいので、Homebrew のページ にある以下のコマンドを実行。
/usr/bin/ruby -e "$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/install/master/install)"


パスワード入力を求められ、多少の時間がかかる。Homebrew が無事にインストールされると、ターミナルの画面に新しく使えるようになったコマンドのリストが現れる。


.bashrc の編集
.bashrc に以下の行を追加。シェルスクリプトと vi エディタ のページを参考に。
i で編集モードへ、追加後に Esc でコマンドモードへ戻る。:wq で保存して終了。cat .bashrc で編集内容を確認できる。
export PATH="$(brew --prefix coreutils)/libexec/gnubin:/usr/local/bin:$PATH"


Python などのインストール
次は、bowtie2 のフォルダで make を実行したいのだが、これをやると色々とエラーメッセージが出てくる。
エラーメッセージと Google を参考に、以下のことを全部やると make できるようになったが、どれが本当に必要だったのかわからない。たぶん brew install bowtie2 じゃないかと思うが、確証はない。
brew install make
brew install bowtie2
brew install python
さらに、このページ から Python 2.7.13 をインストール。これは、普通にインストールパッケージをダウンロードして、それを実行する。
いったんターミナルを終了し、立ち上げる。source ~/.bashrc で .bashrc ファイルを読み込む。


make の実行
以上を行うと、bowtie2 folder に移動して make がエラーなく実行できるようになった。
確認のため which bowtie2 を実行すると、/usr/local/bin/bowtie2 となり、bin にインストールされていることがわかる。


Samtools のインストール
bowtie2 の結果を解析するためには、Samtools が便利なので、ここでインストールしておくと良い。
brew install samtools で OK。

Comments

Private comment