2019/06/30

06/29のツイートまとめ

ultrabemub

"All valid and associated vouchers can be applied to one invoice." つまりまとめて使えるってこと。MDPI は悪い評判もあるけど、査読者に voucher をくれるシステムは他も見習うべき。https://t.co/Bp9FL7Pc6W
06-29 03:47

RT @xiongmao53: しかし、同じ文章(斎藤誠也監修『DNAでわかった日本人のルーツ』2016年所収、神澤秀明「日本列島人に受け継がれている縄文人の遺伝子」)にのせらえた下図を全く無視している。 https://t.co/CHi4EFIYsd
06-29 01:27

RT @xiongmao53: アマゾンベストセラー1位・長浜浩明『日本の誕生 皇室と日本人のルーツ』(2019)第一章「日本人のルーツを解き明かす」批判要約。長浜は下図を以て、日本人は中国人や韓国人と遺伝的に全く関連のない民族とし、日本人の主な先祖は縄文人であるとし、弥生…
06-29 01:26

2019/06/29

06/28のツイートまとめ

ultrabemub

専門に近いので、反ワクチンと呼ばれる人々に科学的妥当性がなさそうなのはわかる。でも、かつて原発が危ないと言ってた人達はトンデモ扱いされていた。この過去への反省なしに、ワクチンに副反応はないと断言するだけじゃ説得力ないだろう。同じ科学者カテゴリーなんだから。
06-28 12:43

RT @pettanesa: 学校のプールが始まって、いわゆるプールカードというのが親に回ってくるようになりました。このところ、とんと印鑑なんて代物は使わなくなったのと、学校提出書類の全てが「自署の場合押印不要」となっていたので、カードに「サイン不可」と書いてあったのですが、ま…
06-28 12:33

RT @tkitanishi: ナノポアシークエンサーなんてあるんですね。1000ドルで買えて、小型・迅速・長鎖が読める。https://t.co/Xf2U1xEUTP
06-28 10:53

2019/06/28

06/27のツイートまとめ

ultrabemub

RT @tama_lion: アフリカゾウのオス、年をとるほど繁殖に必死に。テストステロンが増えるマスト期、50代のオスはメスを探して35歳のオスの2倍、20歳のオスの3倍の距離を移動する。かわりに非マスト期の活動量は年齢とともに低下 / “The older you get,…
06-27 21:23

2019/06/27

06/26のツイートまとめ

ultrabemub

動画ファイルを Mac から iPad または iPhone に移すときは、シンプルに AirDrop がいい。Photos に入り、mp4 なら普通に再生できる。iTunes 経由だと、動画ファイルが iTunes フォルダにコピーされるなど思わぬアクションが起こる。「同期」システムの煩わしい点の一つ。
06-26 21:47

2019/06/26

06/25のツイートまとめ

ultrabemub

Word の文法チェックは、主語・述語の一致とスペースぐらいでいい。Microsoft Word’s grammar and style tools will make your writing worse: https://t.co/n9sd0pm3gz via @slate
06-25 06:24

2019/06/25

06/24のツイートまとめ

ultrabemub

FigTree install はここがいい。https://t.co/ZLoIQCtUs4
06-24 02:32

2019/06/24

06/23のツイートまとめ

ultrabemub

RT @BiotechMania: 欧米でもアカデミックハラスメント 「アカハラ」は大きな問題として顕在化してきている。実際経験者も多い。この言葉は和製英語なので"Bullying in Academia"等表現する。セクハラに続き、政府関係グラント(研究費交付)で明らかな「…
06-23 22:57

@HirotaYoshihisa 他の出版社も含めフルで書いてあれば、そういうフォーマットなのかなという気になりますが、Nature だけだとかなり印象悪くなりますよね。
06-23 11:58

RT @Hakui_siruku_3f: この辞書の「恋愛」の説明文を考えた人はメンヘラの可能性が高い https://t.co/g4KwAxHMmd
06-23 11:55

いくつか誤字があるけど、内容は伝わるだろうからそのままにしとく。
06-23 11:51

よっぽど事情に疎いか、業績を誇張しようとしてるように見える。というか、実際ち誇張してる。
06-23 11:29

CV で Nature: Sci Rep とか Nature: Cell Mol Immunol とか書いてあるのを見てしまったんだけど、マジでやめた方がいい。私にとっては大きなマイナスポイント。まず、研究内容より雑誌名という権威主義者ぶりを曝け出してるし、しかも別に Nature 出版社なたけで姉妹紙じゃない。
06-23 11:27

2019/06/20

Mac Mail から書き出す mbox はバイナリファイル。扱いが難しい。

Mac の Mail アプリからメールボックスを書き出すと、mbox というファイルになる。

もちろん Mail で開けるんだけど、テキストファイルとしてターミナルで扱えた方が将来的に安心だと思ったので、しばらく色々試していた。

file -mime filename で文字コードを調べると、

mbox: text/plain; charset=us-ascii

と返ってくるので、これはテキストファイルだと思っていた。us-ascii はちょっと扱いにくい文字コードなので、変換とかを試してみたが、うまくいかない。

今日、homebrew から nkf をインストールし、nkf -g mbox としてみたところ、なんと BINARY という答えが返ってきた。これで納得。

結局、mbox の中身を見るのに Mail アプリに頼るしかない状況。何か方法を見つけたら追記したい。


2019/06/20

06/19のツイートまとめ

ultrabemub

RT @sendaitribune: ゲノム編集のリスクについてのわかりやすい記事の例>>>連載 西村尚子の生命科学探訪⑭遺伝子変異によりHIVに感染しない人は、死亡リスクが高め – Lab'in New https://t.co/5xkSXDDe6A
06-19 16:31

2019/06/19

06/18のツイートまとめ

ultrabemub

RT @mooncottage21: カール・セーガンのようなニセ科学批判は基本的に賛同だったけど、東日本大震災後いわゆる『ニセ科学批判』クラスタが闇雲な放射能忌避や反原発を「放射脳」「自然派ママ」とやたら馬鹿にし始めてからは『ニセ科学批判』は警戒対象になった。そのうち『ニセ科…
06-18 21:22

RT @SatoruO: 英語の発音勉強に大変良いサイトを発見辞書の発音記号だけだと実際の音をつかみ難いですよね。最近、辞書サイトで音を聞けるのもありますが、実生活でネイティブが使う音とはちょっと違うんです。このサイトでは映画のシーンを引用して実際の音を勉強できます。映像も…
06-18 21:16

Office に出てくる Dropbox badge を消すのに一苦労。まず Accessibility で ON にしてから、Never Show を選択する。そもそも OFF になっていると、何かのバグなのか表示され続ける。https://t.co/HckytlwTXr
06-18 06:57

RT @sugikota: 研究者のみなさんはぜひご一読ください。eLife編集長が、自分の父親がNIHで研究者をしていて同僚の研究不正を告発したけど握りつぶされて自死した、と訴えています。 https://t.co/4ydKA4wPJN
06-18 01:42

2019/06/18

The N Terminus of Myxococcus xanthus CarA Repressor Is an Autonomously Folding Domain That Mediates Physical and Functional Interactions with Both Operator DNA and Antirepressor Protein

The N Terminus of Myxococcus xanthus CarA Repressor Is an Autonomously Folding Domain That Mediates Physical and Functional Interactions with Both Operator DNA and Antirepressor Protein

Pérez-Marín MC, López-Rubio JJ, Murillo FJ, Elías-Arnanz M, Padmanabhan S.
JBC, 279, 33093-33103, 2004

タンパク質-タンパク質やタンパク質-DNA相互作用を調べる実験はいろいろある。免沈-WB、pull-down assay、転写因子ならルシフェラーゼアッセイやEMSA。

ちょうどゲル濾過が毎日のように走っているので、これで証明できないかと思って調べていて見つけたのがこの論文。これでOKなら、キットを買うよりも簡単そうだ。

・カロテノイド生合成に関わる carB オペロンは、暗黒条件下では CarA によって抑制される。
・光が当たると、CarS が CarA と直接相互作用することによって、この抑制を外す。
・この論文では、CarA の N 末端ドメインがタンパク質同士および DNA との相互作用に重要なことを示している。

ゲル濾過の Fig. 5 を中心に解説。

A と B は基本的に同じ手法なので、A のみ。横軸が時間ではなく volume なので、左側が高分子量になる。下のパネルは CarA の N 末端部分および CarS をそれぞれ単独で流し、elution pattern をマージしたもの。上のパネルは mix。大きい分子量のピークが現れている。それぞれの分子量も正確に計算している。

Perez-Marin_2004a.png

FIG. 5. Analysis of CarA(Nter)-CarS interactions by analytical gel filtration. Shown are elution profiles off Superdex-200 in 150 mM NaCl, 50 mM phosphate buffer (pH 7.5), 1.4 mM 􏰏-mercaptoethanol, at room temperature. A, mixtures of CarA(Nter) and CarS. The corresponding His6-tagged proteins were cleaved with thrombin; CarA(Nter) was purified by reverse-phase HPLC, and CarS was purified by dialysis. B, mixtures of CarA(Nter) (as in A) and His6-CarS1. The bottom panels show the elution profiles for the pure proteins; the top panels show mixtures of the two proteins in equimolar amounts (a), or with a 2-fold (b) or 3-fold (c) molar excess of CarS or CarS1 over CarA(Nter). Note that the extinction coefficient at 280 nm is considerably lower for CarS1 (1 Tyr) than for CarS (1 Tyr and 1 Trp) as listed under “Experimental Procedures.” The apparent molecular weights calculated from the elution volumes are described in the text.

他の方法ではタンパク質相互作用を調べておらず、これが唯一のデータ。信頼性が高い手法と言えるだろう。この論文では DNA との結合も見ているが、これは放射性ラベルを使った普通のゲルシフトアッセイ。

2019/06/17

キャプテンアメリカ ザ・ファーストアベンジャーの感想

最初にエンドゲームを観たときは、なんか鼻持ちならないアメリカ野郎という印象で、あまり好きになれなかった。


キャプテンアメリカシリーズの第一作「キャプテンアメリカ ファーストアベンジャー」を観て、このキャラクターも好きになった。


チャラい男がヒーローになり、ヒーローとして生涯を終えるアイアンマン。ヒーローとして歩んできた男が最後に「自分のための人生を生きる」という決断をするキャプテンアメリカ。この 2 人はまさにマーベルシリーズの中心だ。




  • もともとひ弱な青年が、超人血清を打って強くなる。時代は 1940 年代で、ナチスと戦う。ナチス側にも超人血清を打った科学者がいて、これが見るからに悪そう。
  • 愛国心に溢れたいい奴という設定。手榴弾への反応は、ベタだけどぐっときた。
  • すぐにヒーローになったわけではなく、最初はマスコット扱いだったのも可哀想で親近感。
  • エンドゲームの最後を飾った Peggy とのダンスシーン。もっとちゃんとした恋人なのかと思っていたら、あまりにピュアな関係。これも泣けた。
  • 暴漢に襲われたときに、ゴミ箱を盾にするのも可愛らしい。盾好き。例のキャプテンアメリカの盾も、自分で望んでアイアンマンの父親に仕上げてもらったもの。投げて自分のところに戻ってくるのはすごい。
2019/06/17

06/16のツイートまとめ

ultrabemub

RT @kajikent: Nvidiaが公開したお絵かきをリアルな写真に変換してくれるやつで遊んでるんだけど、精度がすさまじくて驚いてる。近い将来、絵のうまい人は A)単純に絵描きがうまい人、B)マシンにイメージを伝えるのが上手い人の2タイプになっていきそう。http:…
06-16 23:16

RT @cryptobiotech: 老化に関するブレークスルー論文が出てますね!(Cell metabolism)・血液循環するeNAMPTタンパク質を測定することで余命を予測できる。・eNAMPTを含有するナノキャリアの投与で最大寿命が15.8%延びた寿命延長も凄…
06-16 19:55

RT @Toyoshi_Toyoshi: ふと思ったんだけど、「本当に学位を取得する水準に達してない」うえに「(仮に指導しても)指導に耳を貸さない」タイプの学生に「お前に学位は出せない」と伝えた場合もアカハラ認定されるのかな?
06-16 19:55

RT @rei10830349: フィンランドの5000人に及ぶ出生コホート研究によれば、8歳の時にいじめられっ子だった人間は、その後20年間経っても精神疾患に高いリスクを抱え(ハザード比1.9;95%CI,1.4-2.5)、特に鬱病と強く関連するという。虐めの後遺症、本当に人…
06-16 19:46

2019/06/15

06/14のツイートまとめ

ultrabemub

RT @kuro1912: RでQRコード生成できるのか!ほんと何でもできるな、R。 https://t.co/IVxijnvMow
06-14 06:15

「フォト蔵」が容量無制限で良さそうだ。おすすめの写真共有サイトをまとめてみた。 - ぼくのデジタルライフ https://t.co/fKxcxbfDJA
06-14 04:29

2019/06/14

06/13のツイートまとめ

ultrabemub

横浜の白血病に対するネトウヨ勢の意見が聞こえてこないのだが、どういうことだろう。偶然で片付ける他に方法がないけど、さすがに良心が咎めるから沈黙してるのか?
06-13 08:35

2019/06/14

名探偵ピカチュウ(ネタバレあり)

原題は Pokémon Detective Pikachu で、ポケモンシリーズ初のハリウッド映画らしい。ポケモンGOをやってるので、面白いかもと思って視聴。

ポケモンが人間と普通に暮らしている世界。とくに、ライムシティという街ではポケモンと人間が仲良く共存している。

最初の時点でミュウツーが脱出する場面が出てくる。主人公はTim。父が事故で亡くなったという知らせを受け、ライムシティに向かう。そこで記憶喪失のピカチュウと出会い、ポケモンを凶暴化させる謎のガスについて調べ始める。

新聞記者のルーシーがヒロイン。日本人っぽい顔立ちだと思ったのだが、Kathryn Newton は普通に白人だった。

黒幕は、長年ポケモンとの共存を研究していたおじいさん、ハワード。息子が悪者というミスリーディングあり。動機はよくわからない。自分がミュウツーに入りたいのはまだ理解できるが、他の人を入れ替えてなんの得があるのか。

あと、ハリウッド映画だけにポケモンが妙にリアルで可愛くない。あと、ミュウツーがなぜ父の魂をピカチュウに移して息子を連れて来させたのかもちょっとわからなかった。
2019/06/12

06/11のツイートまとめ

ultrabemub

最初のコンピューターhttps://t.co/Bw19Y4stw1
06-11 10:35

2019/06/11

06/10のツイートまとめ

ultrabemub

RT @Bio_stations: ヒストンを持たない大腸菌に無理やりヒストンを発現させたぜ!、という論文。面白いことに、ヒストンの導入で大腸菌でもDNAのパッキングがみられる。ただし、細胞増殖にはそんなに影響ない。ヒストンはトランスポゾンの転移を抑えるために獲得したかも、…
06-10 19:39

RT @gaou_ak: オニグモゲノム論文出版されました。https://t.co/nZJE4WbwLGオニグモの3G超ゲノムを10Xとナノポアでしっかりと決め、複雑な糸遺伝子をナノポアDNAとdirect RNAなどを駆使して全種類決め、絹糸腺トランスクリプトームと牽引糸…
06-10 19:29

RT @norionakatsuji: サイエンス誌最新論文の重要性強調するネイチャー誌記事。人間臓器の体細胞ゲノムに多数変異蓄積は既知だが、今回29種類の体細胞を5百人分集めた巨大データ解析。紫外線暴露の皮膚含め全ての体細胞組織は変異蓄積した細胞集団モザイクと結論。→最も安全…
06-10 15:09

RT @kfuku0502: 分子収斂の特集号かぁ。あとでいくつか見てみよう。Theme issue ‘Convergent evolution in the genomics era: new insights and directions’ compiled and e…
06-10 09:32

RT @minaokukita: このスレッド、とても良い。科学者というのはコミュニティ全体として人類全体に貢献するもの。あることを最初に発見・発表をした人だけが功績を認められるという考え方、仕組みは間違っている。 https://t.co/LwFmzqvF2t
06-10 07:45

2019/06/10

06/09のツイートまとめ

ultrabemub

RT @Yama_9980: ドイツの州立大学の授業料は無償/格安なのだけど、それは裏を返すと「学生は大学のお客様ではない」ことを意味するのではないかと思う。厳しい大学・学部(医学とか物理とか)は本当に厳しくて、半年ごとに半分の学生が消えていったりとか...
06-09 00:34

2019/06/09

06/08のツイートまとめ

ultrabemub

RT @diabetesfuna: ここ10年で糖尿病治療薬は目覚ましい進歩を遂げました。メトホルミン1stは揺るがないものの、エビデンスの集積したGLP-1RA、SGLT2阻害薬が2ndに来るとは感慨深いものがあります。Standards of Medical Care…
06-08 23:41

RT @windowmoon: 現在の魚類系統、日本の研究者らの貢献はもうほとんど完全に無視されてるな。1本も引用されてない。
06-08 23:34

RT @MethodsEcolEvol: You can now access the largest vertebrate #Phylogeny of #Fishes online or as an #RPackage. For #WorldOceansDay, find o…
06-08 23:34

ダメな人ほど自己を過大評価する現象(認知バイアス)には「ダニング=クルーガー効果」Dunning–Kruger effet という名前がついているらしい。
06-08 23:31

RT @dynamicsoar: HARKing という概念をつい最近ついったーで知って、動揺したんだけど、たぶん「無理やり仮説検証型のテイにする」のをやめればいい話なのかな。正直「そうすべきである」と誤解してた面がある。ただ実際、パイロット実験の結果から仮説を提示することも別…
06-08 22:28

RT @uranus_2: 結果を見てから、それに合う仮説を作ること(HARKing)を擁護する立場。In Defense of HARKinghttps://t.co/z8W18UcX8n
06-08 22:27

論文に仮説は必要か?https://t.co/YI4Pb4k9dD
06-08 22:18

汚染土を全国に運んだのも狂ってたが、保育園に置くとはさらに…横浜の保育園で“汚染”土騒動 園児2人が白血病発症 市は動かず https://t.co/mHH2OAONbv via @dot_asahi_pub
06-08 21:29

RT @Bio_stations: 性染色体は利己的!?クジャクの羽のように生存には不利だが繁殖には有利な形質は、性染色体に乗って進化してきたかも、という話。恐ろしいことに、この論文は著者一人(単著)でNatureに掲載されている。しかも大学院生らしい。どんな天才なんだろう…
06-08 21:12

クロソイ 出荷自粛へ|NHK 福島県のニュース https://t.co/bOSQw46rq1
06-08 21:11

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2019/06/08

論文に仮説は必要か?

論文を書く際にしばしば求められる「仮説」というのがどうも気に入らない。

いや、別に仮説検証型の研究に文句を言うつもりはない。どんどんやってほしい。気に入らないのは、仮説検証型というのが研究の唯一のスタイルだと思い込み、「仮説は?」とか聞いてくる輩だ。彼らは、「仮説」が明確に提示されていないと満足しない。

理論武装のため、仮説に関係するトピック集めたページを作りたい。このページは第一弾。いずれ UB3 の論文関係のセクションに入れようと思う。

セクション1
仮説検証型でない研究には、どんなものがあるのか?

仮説生成型、または仮説探索型という言葉がある。
https://kenkyustyle.blogspot.com/2017/08/blog-post.html
https://科研費.com/hypothesis-making-proving/

また、仮説のある research は英語だと hypothesis-driven であり、これに対して data-driven という単語がある。PLoS Biol の author guideline には、data-driven research もウェルカムと書いてある。


セクション2: 実例
私が考える「仮説の不要な研究」は、例えば複数のサンプルを使った次世代シークエンスなどの big data があって、そこから相関して変化しているものをスクリーニングするようなものである。具体例を想像してみると、

「カエルの発生段階別 NGS データで、足が生えてきたら発現が変化する遺伝子を探す。足の発生に関わっている可能性がある。」

この論文のイントロは、以下のようになるだろう。

・カエルは、発生段階の初期には足がない(オタマジャクシ)
・足の発生を制御する遺伝子は同定されていない
・NGS スクリーニングの有効性、カエルの他の遺伝子の例など
・そこで本研究では・・・

ここに無理矢理仮説をくっつけるとすると、以下のようなパターンが考えられる。

1. 足の発生の前後で発現が変化している遺伝子が、発生に関わっているという仮説を検証した。

これだと、スクリーニングした遺伝子が足の発生に関わっているということまで論文内で示さなければならなくなる。


2. 足の発生の前後で、何らかの遺伝子発現が変化しているという仮説を検証した。

仮説がブロードすぎて、意味がないように思う。


3. 実際にAという遺伝子がとれたら、Aを含む遺伝子ネットワークBについて「Bが発生に重要なので、この系が関わっているものと仮説を立てた」とする。

で、実際にAの発現が変化していたので、「仮説は支持された」ということになる。これが、ツイッターで一瞬話題になったHARKing (hypothesizing after the results are know) というやつである。ちなみに、HARKing という言葉で出てくる仮説は、このような論文のストーリー上の仮説を指す場合と、統計検定における帰無仮説を指す場合があるようである。かなり話が違ってくるので、HARKingを議論する際は注意したい。

実際のところ、無理矢理仮説をくっつける場合には、3が一番よく行われているように思う。しかし、1-3のいずれもあまり意味がない。

「論文には仮説が必須」「Research questionがない論文は無意味」というのは、特定の分野では説得力のあるルールかもしれないが、ケースバイケースであると考えたい。

追記:
HARKingに関しての話なら、私は論文のストーリー上の仮説を後から作るのは、まあ仕方ない場合もあるという立場である。実際、「Xを想定していたけどYになりました。その解釈は・・・」という論文で、イントロにXのことばっかり書いてあったら非常に読みにくい論文である。

論文のストーリー記述方法としてはまあありで、複数の論文を俯瞰したときに、分野として再現性があれば良いのではないかと思う。

これを研究不正としてしまうと、仮説が著者の頭にない段階(上記のカエル論文のようなケース)で、Reviewerに「仮説は?」と聞かれた場合に、withdrawしなければならなくなる。

2019/06/08

06/07のツイートまとめ

ultrabemub

RT @LuckyStrike1984: あと、日本だと留学っていうと自分でやりがい仕事を決めてラボ選んでフェローシップ取って、というのばかりだけど、最初の留学なら自分のやりたい事は脇に置いて巷に溢れかえるポスドク公募に応募するのももっと考慮されるべき。とりあえず行ってから考え…
06-07 11:27

ツイッターには動画がたくさん投稿されてる。警察で受付窓口を作れば、ネズミ捕りよりも抑止効果があると思うんだが。
06-07 08:46

ドラレコをアップロードして迷惑運転を通報できる仕組みってないのかな。AIで問題なし、軽微な違反、悪質な違反を振り分けて、軽微な違反には自動で警告を送る。悪質なのは人の目でチェック後に厳しく取り締まる、とか。相互監視みたいで嫌だけど、迷惑運転の方が目に余る。
06-07 08:41

RT @Kyukimasa: 植物の葉の配列数学を再考https://t.co/uKxUznEAuY葉を出すパターンは規則的なので数式で表せる(フィボナッチ数列が出たりする)けど、日本の低木Orixa japonica(コクサギ)が微妙に法則に合わないのを発見。東大の研究者…
06-07 08:30

2019/06/05

06/04のツイートまとめ

ultrabemub

RT @SatoruO: こんな面白科学のお話が好き世界に広がるマカダミアナッツの遺伝子検査をしたら、なんと世界の70%の木は、オーストラリアにあるたった1本の木が起源もともとオーストラリアにしかないのを、1896年にハワイに移して爆発的に広がったそうです。ハワイ原産か…
06-04 20:13

RT @wired_jp: さらば、iTunes。肥大化した混迷の産物の“死”と、その偉大なる功績 https://t.co/sAWWXK6tQK #最新記事
06-04 09:49

RT @asahi_kankyo: 1万年前のライオン?氷漬けで発見 シベリアの永久凍土:朝日新聞デジタル https://t.co/8kZq02eVehかつてシベリアにいた「ホラアナライオン」が、永久凍土から現れました。日本とロシアのチームによる共同研究です。同時に見つか…
06-04 09:48

政府統計だって捏造しまくりなんだから、原発関係のデータなんてさんざん捏造、操作してるに決まってるだろ。疑ってない人って何考えてるんだ?
06-04 07:07

RT @masanoatsuko: 地域間で被ばく線量推計値に差があることを前提に、4地域で甲状腺がん発生を比較して、質の悪い(交絡)因子を考慮したら、あら不思議、放射線影響はありませんて?それって https://t.co/Cf8DJfc8iJ
06-04 06:57

RT @masanoatsuko: なんじゃそりゃ。一巡目は事故前と比べて数十倍甲状腺がんが発生していることを、スクリーニング効果だ過剰診断だと散々言って、ならば、二巡目こそは、事故前と比較すればいいではないか。その問いを発する人が部会委員に1人もおらず、 https://…
06-04 06:57

2019/06/04

06/03のツイートまとめ

ultrabemub

RT @YoshiKawahara: ゲノムアセンブリの評価ツール「QUAST」。ゲノムサイズが大きくなるとなかなか計算が終わらなくて困っていたが、「QUAST-LG」にしたらあっという間に結果が出た。これからはこっちを使おう。https://t.co/JewKoXj3HD
06-03 20:07

あとはアドミン。トップに非研究者のマネージメントの人なんて入れたら、外部資金とれない研究者は役に立たないので不要って話になる。大学の自殺に等しい。アメリカは間接経費を高くすることで何とか研究を正当化してるけど、それがはたして良い方向か。
06-03 11:57

そのうちブログにでも書きたいが、よくある「〜は研究者じゃなくてテクニシャン」って言い方は、鼻持ちならないPI至上主義に聞こえて嫌い。尊敬するゴルゴ13の職務内容は、PIかテクニシャンかと言われれば後者。テクニシャン馬鹿にするな。
06-03 11:48

流れてくる研究教育分業の話、たとえば1割ぐらい研究で良い仕事を地道にしてきた人とかはどうなるのかな。研究を禁じられてモチベーションだだ下がりみたいなことにならない? 志願制なのか?
06-03 11:38

RT @marxindo: 研究教育分業論を現実的に成功させるには「研究担当より教育担当,管理運営担当のほうの年俸を2割くらい高くする」がいいと思うラジ。希望者殺到するようなら選抜して優秀な人に教育や管理運営をやってもらう。
06-03 11:30

RT @nagaya2013: @koichi_kawakami そうですね。あと数が圧倒的に少ないです。それと因果のの「因」と「果」の紐付けが雑。甲状腺がんの地域分けと時期もそうですが、疫学的に有効にならないように逆に工夫しているフシさえあります。やばそうなデータはハードディ…
06-03 11:27

RT @HattoriM: 私が関わった中国の科学事情の記事で閲覧フリーのものをまとめました。中国でラボをはじめるということ(生物物理学会)https://t.co/LUoVumQB59大学メシからみえてくる中国の大学の強み(JST)https://t.co/kmM
06-03 05:19

2019/06/03

06/02のツイートまとめ

ultrabemub

RT @jun_makino: メモ程度だが 6/3 に開催予定の福島県の https://t.co/a0cjl2o3w2 第13回甲状腺検査評価部会について。
06-02 21:04

Peer-reviewed journal って言葉を使うことは、むしろ貧弱な研究経験を連想させるな。アクティブな研究の世界に身を置いてる人にとっては、査読なしなんてのは日常接しない概念なので。
06-02 16:52

RT @yusuke_tsugawa: 超加工食品に関しては先日もNIHで行われたランダム化比較試験の結果が出ており(Cell Metabolismという一流誌に掲載)、ここ2年位で急激に色々なことが分かってきた印象があります。#究極の食事 https://t.co/4SN
06-02 08:43

2019/06/02

06/01のツイートまとめ

ultrabemub

RT @Kyukimasa: アボカドはドードー鳥の道を辿っていたかもhttps://t.co/sOqbOnR9bQ種が大きすぎる。かつてはアボカド食べて種を拡散する大型哺乳類がいたが絶滅してしまい、相方不在で進化の袋小路状態。絶滅する前に人間が比較的早期に栽培始めた(そ…
06-01 23:43

RT @SasaganiY: とある目的で樹液(生木を流れる液体そのもではなく樹皮から漏出して発酵した状態のもの: 所謂”樹液酒場”)の化学組成を調べているが、驚くほど文献が見つからない。矢島(2005)樹液をめぐる昆虫たち. 偕成社に記載があるらしいが...
06-01 20:06

RT @Umasi1981: 昨日の論文、ボロクソに言われてて笑ったhttps://t.co/ISflDTbOXc
06-01 20:04

RT @rmaruy: 「キャノン時代、私は部下に対して、上司に秘密を作ることを推奨していました。…具体的には、業務時間の10分の1〜5分の1程度、将来の自分のための〔勉強・研究〕時間を持つように、そしてその研究内容のすべてを報告する必要は無いと言っていました。」松谷茂樹『もの…
06-01 05:35

2019/06/01

05/31のツイートまとめ

ultrabemub

RT @norionakatsuji: iPS細胞の臨床応用に重要な最新論文。iPS細胞18株の全ゲノムを詳細に解析、ゲノム変異の蓄積を分析比較した米大学UCSDからの論文。元細胞変異と初期化培養で出現変異、子供組織幹細胞より変異多い、約半数iPS株は癌関連変異保有。https…
05-31 08:22

RT @Kyukimasa: 群れで泳いでいた5000万年前の魚https://t.co/lnR4F0MTpWschool of fish(魚の学校/めだかの学校:集団作ることで水流を増強して推進効率を上げる)。5000万年前の魚群が群れのまま化石になっている
05-31 07:39