2018/04/30

04/29のツイートまとめ

ultrabemub

RT @bonohu: “塩基配列やcDNA配列、アミノ酸配列は研究の多くの場面で必要となりますが、今回紹介するちょっとした使い方を知るだけで自分の欲しい配列や領域をこれまで以上に簡単に取得することが…” #togotv #DBCLS / “Ensem…” https://t.…
04-29 22:08

2018/04/29

エンパナーダとは

近所のパン屋さんで購入。初めて聞いた言葉だった。どうも、パンで何かを包んだものを意味するらしく、地域によって違いが大きいらしい。面白かったのでブログに書いておく。

買ったのはこんな感じのパン。普通のジャムパンみたいなもの。

empanada-20180430

エンパナーダは、響きから想像されるとおり、もともとスペイン語。よって南米に種類が多い。面白かったのはアルゼンチンのエンパナーダで、巨大なギョーザを揚げたような食べ物。これはどっかで見たことがある。

Docena_de_Empanadas_Caseras_Argentinas-2018-4-30.jpg


By Arcibel - 投稿者自身による作品, パブリック・ドメイン, Link
2018/04/29

04/28のツイートまとめ

ultrabemub

RT @murabe1: 排尿と生殖が同じ管を使っているのは,生殖管が元々中腎管を流用してできたものだから。摂食と呼吸に同じ入り口を使っているのは,元々呼吸と摂食は同一の行為(濾過摂食)だから。ヤツメウナギを解剖すればわかる。 https://t.co/o2kr8PH0Kz
04-28 11:55

2018/04/27

04/26のツイートまとめ

ultrabemub

RT @sendaitribune: 約3日間に渡りメロスが今何をしているかが分かるアプリ『実時間小説 走れメロス』が面白すぎて爆笑「何という誰得」 https://t.co/LJzDYQCryJ @togetter_jpさんから
04-26 21:51

RT @caripso: 調べてみたら本当だった。ADH1遺伝子に強い淘汰圧が東アジアではかかっており、この変異は10,000-7,000年くらいと最近に起きているらしい。アル中は子孫を多く残せない、というのは解釈がいくつも可能なのでストーリーを想像するのはためらわれるがh…
04-26 21:18

2018/04/26

04/25のツイートまとめ

ultrabemub

RT @ogi_fuji_npo: 漫画村を平気で使ってるような学生は、ブロッキングについても構わないと考える傾向があるようだという身も蓋もないエピソードが。一見矛盾するようにも見えるが、他者の権利への無関心、倫理に対する無関心という点では一貫しているのだろうと思った。#ブ…
04-25 20:49

RT @Tyu_Shi: 全種のゲノム配列が手に入ったとして、そこから何しますかという問題設定が次に来るわけですね。"characterize the genomes of all of Earth’s eukaryotic biodiversity over a period…
04-25 02:12

2018/04/25

04/24のツイートまとめ

ultrabemub

RT @Baboon_sai: みんな IF 大好きなんやな。生き物の名前が出るたびに原記載論文引用するルールにしたらいいんちゃうかな?分類学雑誌のIF+分類学者の論文被引用数が爆アゲするんちゃうかな。
04-24 21:03

基本はオリジナルが好きなんだが、ここまで違うとこのバージョンも良いかなと思えてくる。Killerwatt -Go west 2007 (hands-up extended mix) https://t.co/p9eOGVD25k via @YouTube
04-24 12:16

2018/04/24

04/23のツイートまとめ

ultrabemub

RT @yamagatm3: Lower-Rated Publications Do Lower Academics’ Judgments of Publication Lists低ランク雑誌の論文が業績リストにあると、その研究者の評価は下がるのか? https://t.co
04-23 04:42

2018/04/22

04/21のツイートまとめ

ultrabemub

RT @hora_algebra: 生態系肉食動物を追加することで植物が生き延びている様子。草食動物が列を成して食いつぶそうとする。↓肉食動物がその列を切って植物を逃がす。という流れが観察できます。 https://t.co/OYno2DTg5T
04-21 21:32

RT @untan_jack_dn: 論文出版者への賞与が世界で流行中 https://t.co/RzUJFV9SAh 「金額面でトップに位置するのは中国で、最高額は16万5,000ドル」「サウジアラビアとカタールの中東2ヶ国で一論文当たり最高1万3,700ドルの賞金」「インパ…
04-21 21:15

三浦瑠麗、落合陽一、古市憲寿ってのがみんな同じに見えるんだが、落合陽一だけ妙に信者が多いように感じるのは何故だろう。
04-21 09:25

2018/04/20

04/19のツイートまとめ

ultrabemub

百田某に関して、人格破綻者という表現が流れてきた。言い得て妙。
04-19 14:03

2018/04/18

High Sierra が重いときの対処法(上級者向け)

不要なファイルを削除するとか、ゴミ箱に捨てるだけじゃなくて空にしなきゃダメだとか、そういう基本的なページばかりヒットするので、少し上級者向けの方法をまとめた。

1. 画面の透明度を下げる

System Preference - Accessibility - Display で、Reduce Motion と Reduce Transparency にチェックを入れる。画面上部のメニューバーが白くなったりして、けっこう軽くなる。

2. Time Machine はやっぱり自動でない方がいい

Automatic Backup を外す。基本、編集するファイルは Dropbox の中のものだけなので、頻繁なバックアップは必要ない。

3. Onyx はもちろんかける

バックアップ後に、なるべく多くの項目にチェックを入れつつクリーンアップ。

4. 通知センターはいらない

通知は全オフ。Mail の Badges のみ残しておけば、私の場合は十分。
2018/04/18

04/17のツイートまとめ

ultrabemub

sci-hub の戦いは続く・・・https://t.co/utaaKlkcVp
04-17 20:26

RT @ribirth: ちょっと昔に「CCCD」っていう超絶クソなコピー防止機能つきCDがあってね。CDプレイヤーなら普通に再生できるけどPC経由で再生や録音をしようとするとサーバー認証に飛ばされてPCと紐づけされるっていう仕様だったの。で、今はそのサーバーがもうサービス停止…
04-17 18:55

学校、狂ってる… https://t.co/hibwSwkire
04-17 11:36

RT @Kelangdbn: イタリア各地域を代表するパスタ https://t.co/Mc1N20zWAc
04-17 02:04

2018/04/17

04/16のツイートまとめ

ultrabemub

RT @Galaxy_breaker: 日本人って整形とか刺青彫ったりすると「親からもらった身体なんだから大切にしなさい」って言うくせに、長時間労働で身体を壊したりすると「仕事を休むのは甘え」「自己責任でしょ」と罵倒する。結局、論理の一貫性よりも日本に漂ってる漠然とした"空気感…
04-16 11:13

2018/04/16

04/15のツイートまとめ

ultrabemub

RT @bokete_hot: やっぱりdocomoに戻したい https://t.co/n6eXf4A334
04-15 18:48

RT @june_ya: すごいな。通信とか、情報法とかの専門家が入ってない会議で、法律作らずにブロッキング決めてたのか……。中には情報公開で国が滅ぶとか言ってる人もいるし、中国共産党もビックリだ。 https://t.co/Fccyk535bX
04-15 11:32

RT @yokogawa12: ニュースプラス:札幌・円山動物園 学びと種の保存に力点 園長「来園者目標はやめる」 /北海道 - 毎日新聞 https://t.co/QrCxxuedIh『来園者の目標数を持つのはやめる。』このご時世に英断だと思います。
04-15 10:20

2018/04/15

04/14のツイートまとめ

ultrabemub

RT @ShinyaMatsuura: 漫画村から始まったネットブロッキングの話、ものすごくマズイ方向にいっている。私はこれをきっかけに権力が超法規的にネットの情報流通を事実上制限できる仕組みや雰囲気を作るのが一番まずいと思っていた。陰謀論は慎むが、漫画村資金源が日本政府マッチ…
04-14 11:51

RT @dc1394: 米ライス大学が設立した、主に大学レベルの教科書を無料で提供しているサービス。物理学、経済学、心理学など様々な科目の教科書が用意されており、そして全てピア・レビュー(※査読。研究者同士で内容を検討すること。)済みなので内容も保証されています。それが全て無料…
04-14 01:58

2018/04/14

04/13のツイートまとめ

ultrabemub

RT @takehikohayashi: 学会の看板誌であった「Metabolomics」を巡ってSpringer社との権利交渉が決裂し、新たな学術誌を立ち上げた国際メタボロミクス学会に所属する遺伝研の有田氏の記事。研究者にはぜひ広く読まれてほしい/学会誌をどう出版するか:商業…
04-13 08:36

2018/04/13

04/12のツイートまとめ

ultrabemub

RT @piyota0: 4月になったので、きっとラボ配属された学生さんには、こういうのが必要な学生さんもいるだろうということで再掲永久保存版NMR学習用インターネットリソース by @takanzai https://t.co/bKhqSLVcEs @togetter_j
04-12 21:02

RT @pettanesa: どうしよう、クワガタとか猛烈に性差が大きいんですが…  【進化】性差が大きい生物種は絶滅する可能性が大きい | Nature | Nature Research: https://t.co/kkOEYB2WQ1
04-12 10:19

RT @bokete_hot: 初ディズニーランド https://t.co/BexnUg5c8l
04-12 05:51

記事でははっきり書かれてないが、これは出版社側の負担と解釈していいのかな。研究者にオープンアクセスオプションを義務付けるという話ではないと思いたい。https://t.co/orGappUtD8
04-12 02:08

RT @oxt23: 日本の大学院の“メリット“はお金が貰えない代わりにほぼ誰でも入れて、やる気のなかった人でも途中に火がつくと研究で飯が食えるようになっちゃったりする事かな…
04-12 02:02

RT @JPparkGuardian: けものフレンズの話でチベットスナギツネの事をチベたんって呼ばれるとチベタンマスティフっていう虎よりも強いって言われる超大型犬しか思い浮かばない https://t.co/OXK4XL1xWC
04-12 01:34

2018/04/12

04/11のツイートまとめ

ultrabemub

RT @windowmoon: 読まずに決済印を押すのは別にいいが、責任は取れよ。そのための決済印だろうが。
04-11 20:44

RT @Erscheinung35: しっかしなあ,ノーベル賞の山中教授がお金貰えないって嘆いてる傍らで,最高権力者の友人の経営するようわからん獣医学部には国から何百億円がポンと出るっていうんだろ。これで日本の科学技術水準が超絶劣化しなかったらそっちのほうが不思議だわ
04-11 20:15

学歴、職位、インパクトファクター。どれも似たような一元的指標で、重視しない科学者が多いと思うのだが、自分が優位に立てる場合はすかさずマウンティングに使うケースがあって興味深い。
04-11 11:24

RT @kavvase: データ解析において用いられる主成分分析(PCA)の方法についてのレビュー。科学・工学・社会学など多岐にわたる分野における利用事例がまとめられている。https://t.co/RkW9SPawVz #arXiv
04-11 05:49

2018/04/11

薬品を生物に投与し,組織への取り込み量を測定するような実験

以下のページをUBC に移動しようと思ったが、とりあえずブログにアップ。あとで時間がとれたら整理する。

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何らかの薬品を生物に投与し,組織への取り込み量を測定するような実験には,ある程度決まった方法論がある。このページでは,実験の基本的な手順や,このような実験を計画するときの注意点 についてまとめる。
 
多くの論文では,単純に目的物質を定量するだけでなく
 
  • 回収率 recovery rate
  • 検出限界 quantification limit
  • 同じサンプルから定量した際の誤差 intra- and inter-day variation
 
なども算出している。
参考にした文献の内容は以下のとおり。
 
1. 漢方薬の成分である baicalin をラットに投与し(i.v. 単回投与),脳内の量を 逆相 HPLC で測定。
3. 食品中のソルビン酸,安息香酸 benzoic acid を抽出し,逆相 HPLC で定量。
投与法

経口投与および静脈注射 i.v. infusion がよく使われる。単回投与 single dosage の方が解釈が簡単になりそう。
 

静脈注射
  • 目的物質は水溶性か,脂溶性か?
  • 水溶性の場合,水に溶かすか,緩衝液に溶かすか?
  • 脂溶性の場合,溶媒は生体に影響を与えないか?
  • 目的物質の投与量はどれぐらいになるか? 達成したい血中濃度と血液量から算出することになる。
  • ラットの血液量は,約 70 mL/kg body weight である(2)。
  • Blood に血液量の一覧があります。
  • どれぐらいの液量を注入することになるか? 目的物質の溶解度と投与量から計算。
 
 
経口投与
  • 動物がその餌をコントロールの餌と同じぐらい食べるか?
  • 食べる量が変わったとしたら,それによる影響は?
  • どれぐらいが血液中に移行するか? 最大濃度,時間など。
 
 
組織からの抽出
  • どんな溶媒で抽出するか?
  • 回収率の検討

> 文献 3 では抽出に水蒸気蒸留を用いており,抽出を繰り返して回収率と留出パターンを求めている(3)。
: 安息香酸標準液(0.1 g/kg)を試料に,100 mL ごとの画分で 600 mL まで流出液を採取する。
: 画分 1, 2, 3... に含まれる安息香酸の量を測定する。
: 1 回目で 85%, 2 回目で 95% のように,回収率が上がっていき,やがて上限に達する。
検出限界 Quantification limit

> 検量用標準液の最低濃度(安息香酸 0.1 µg/ml)測定時の標準偏差の3倍を検出限界値としている(3)。
> "The quantification limit ... defined as a signal-to-noise ratio of 3:1 was 10 ng/ml (1).


  1. Zhang et al. 2005a. A chromatographic method for baicalin quantification in rat thalamus. Biomed Chromatgr 19, 494-497.
  2. Rat Biomethodology, Laboratory of Animal Resource Center, The University of Texas at San Antonio.
  3. 山上ほか 2010a. 高速液体クロマトグラフィーによる食品中のソルビン酸,安息香酸分析法について. 山梨衛環研年報, 54, 48-51.
2018/04/08

04/07のツイートまとめ

ultrabemub

@scitechjp 東大のアレのせいもあって、ある分野では既に出したもん勝ちの世界になっているのではとも思います。
04-07 12:18

@scitechjp 確かにそうですね。常識はちょっと言葉が過ぎたかもしれません。言いたかったのは、一部の異常な人のせいと考えるよりは、それが有利に働かないようなシステムを考えたいね、ぐらいのことでした。
04-07 12:05

RT @Kyukimasa: 進化の過程で遺伝子失う利点(MPG)https://t.co/UtDY89TH0kイルカなど体毛に関する遺伝子レベルで持ってないのか。フルーツバットはインスリン抑制系ないから糖度高い果物を主食にできるとか。アルマジロやセンザンコウはDNA修…
04-07 10:43

2018/04/07

04/06のツイートまとめ

ultrabemub

RT @patty_ohare: トランプの韓国系アメリカ人へ対する発言のニュースを聞いてこのビデオを思い出した。何度見ても面白いが、実際米国生まれのアジア系の人々はこういう扱いにさぞうんざりしているのだろう。What kind of Asian are you? https:…
04-06 17:12

A) ヒトのデータ全削除。B) ヒトの結果をpositiveだった4個だけ載せる。C) 正直に全部載せて議論する。C) が一番有利になるようなシステムが理想だと思っています。
04-06 10:37

しかし自分としては原因も想像がついてるし、そもそも動物データだけでもこの雑誌に載る価値はあると思っている。予算もそろそろ終わるし、働いてくれたポスドクも次の職が決まった。さて・・・ラストへ続く
04-06 10:36

最後に、応用可能性を示すため6個のヒト患者集団でテスト。4個で相関がみつかるが、ちょっと標本にバイアスがあってNが少ない2個では微妙な結果。この2個を結果に含めて議論したら、きっともっとテストしろと言われるだろう。さらに続く。
04-06 10:36

不利なエビデンスの話は、ちょっと古いストラテジーかもしれないが、例えばこんな状況を想定。ある患者から、病気の原因になりそうな新規SNPを発見。動物モデルの結果はメカニズムまで完璧。これがメインデータで、Fig 3 個と Supplement 10 個とか。続く。
04-06 10:35

RT @kaityo256: PowerPoint for Macが吐くPDFが重いのは「元画像ファイルより大きなサイズで」「同じファイルを複製して」「可逆圧縮で」PDFに埋め込んでいるからでした。Windows版は「元ファイルと同じサイズで」「同じファイルは複製せず」「不可逆…
04-06 06:49

2018/04/06

04/05のツイートまとめ

ultrabemub

RT @ayafuruta: 首肯。生命科学系の論文の再現性の低さは世界的に問題になっているが,原因のひとつはここにある。当該の研究室以外では一向に再現されず,従って実用化しない。データのチェリーピッキングから“結論に影響しない改変”まではほんの半歩で,不正の誘因にもなっている…
04-05 22:44

RT @norionakatsuji: 「誇張(Hype)はいつも使っていた。幹細胞研究に注目を引き付ける目的で使っていた。しかし今は止めた。偽りの希望を(患者などに)誘導するのを避けるために」←日本の科学者なども肝に銘じて欲しい。もう、遅すぎるかもしれないけどね。 https…
04-05 22:44

査読者のうち一人でもネガティブなら載らない。とにかく逆らわず、分かりやすく、論文の売りを強調。いい雑誌に一発出せば、予算も仕事も手に入る。このあたりを変えていこうという動きがあるのは嬉しいけど、これに最適化していくのが成功の秘訣、みたいな現行システムの信奉者もいる。
04-05 21:45

なぜか伸びつつあるが、「大好きな」も変な風に繰り返しになってるな。恥ずかしい。
04-05 10:43

「FileMakerはデータベースの勉強になるでしょうか?」 https://t.co/XerHdbuAyR #teratail #mysql
04-05 07:26

@Oui_mitaka そうですね。医学系だと、特にストーリー重視で仮説とかメカニズムとかをばしっと打ち出さないと相手にされない気がします。私はもう少し古風な自然観察が好みです。
04-05 07:09

RT @med_premier: 昨年、英医学誌ランセットに衝撃的な論文が掲載されました。炭水化物や脂質の摂取比率と総死亡率の関係を調べたものです。さて、どのような栄養素が命を縮めるのでしょうか。これまでの常識を覆す内容です。「炭水化物が命を縮める」 衝撃論文の中身とはht…
04-05 03:16

2018/04/05

04/04のツイートまとめ

ultrabemub

これも Registered だな。スペルミス多い。
04-04 23:40

「んなが → みんなが
04-04 20:43

Resisters reports は素晴らしい提案。査読やラボ間の競争を前提とした現行システムは、情報技術で改善できる時代なはず。理想と現実を区別するのが第一歩。査読者は神、とりあえず従えみたいな「現状対処策」が語られすぎて、未来に繋がる対策を覆い隠してることが最近多い気がする。
04-04 20:41

不利なエビデンスを出さない、をとんでもないことのように言ってるアカウントが多くて驚く。生命科学では常識。「んなが大好きな大好きな「ハイインパクト論文」は、結構そうやって書かれてる。正当化する気は毛頭ないが、現状を認めないと対策もできない。
04-04 20:32

RT @tsuyomiyakawa: 不利なエビデンスは出さない、というのは残念ながら社会科学だけでなく、生命科学でも普通になってしまっていると思います。現状ではこれはルール違反ということにはならない。これが、経験を積んだ研究者が論文で主張されていることを頭から信用することをし…
04-04 20:27

RT @tsuyomiyakawa: この状況は今後少しでも良い方向に向けるべきかと思いますが、その有効な方法の一つに、以前紹介したRegistered reportsのようなフォーマットの導入があるかと。実験計画の段階で査読し、受理されれば結果の如何にかかわらず出版されると。…
04-04 20:25

RT @kaoryu: この記事が検索トップ。「論文を出すときに重要なのはリジェクトされたときの落胆、怒り、失望、疑念などの感情をコントロールする力、揺るぎない信念、状況を見極める客観性や判断力です。」論文を出す力 ~ リジェクトの受け止めかた https://t.co/n
04-04 01:43

2018/04/04

04/03のツイートまとめ

ultrabemub

RT @yamagatm3: CRISPRの安全性を巡って衝撃を与えた論文が撤回 https://t.co/iBrsULEtui
04-03 07:30

2018/04/03

04/02のツイートまとめ

ultrabemub

ろくでもない雑誌は多々あるけど、それをひとまとめに悪役にして、既存の雑誌を持ち上げる風潮も嫌い。掲載料$5,200とか十分ろくでもない。査読の質がひどいのも多い。ネット学術誌:チェック不十分な論文急増 誤解広がる恐れ - 毎日新聞 https://t.co/7Eedw7F06q
04-02 23:40

RT @kobakaz_jp: めっちゃ久しぶりにブログ更新しました。かなり初歩的なことを軽く書きなぐっただけですけど。「科研費・学振の申請書の書き方」https://t.co/CVDHArrYis
04-02 21:10

RT @Keisukexlife: アドセンスアカを持ってる人は「アドセンス狩り対策」を今すぐしないとまじヤバイです。「自分のサイトのみ広告表示を許可する(画像4枚目)」設定です。これをしないと、誰でも勝手にあなたのコードを使える状態です例えば悪意のある人がアダルトサイト…
04-02 13:08

RT @togetter_jp: 「東京大学では最近まともな取材でも大学構内を撮影できない?理由は「東大生を玩具にする番組」にある?」https://t.co/b4gPm7fksrが伸びてるみたい。こっそりあなたに教えちゃう。 作成者:@playstation_DC
04-02 10:15

2018/04/02

04/01のツイートまとめ

ultrabemub

RT @Invesdoctor: 軟骨の成分であるグルコサミンやコンドロイチンをサプリメントとして経口摂取しても、残念ながら軟骨は再生しません。変形性膝関節症の患者にコンドロイチン単独、グルコサミン単独、両者併用、プラセボのいずれかを6ヶ月使用しても効果に差はなかった(N En…
04-01 07:05

2018/04/01

03/31のツイートまとめ

ultrabemub

RT @Becton21: ケルベコスwwwwww https://t.co/tNqzm2GIrl
03-31 18:40

RT @biochem_fan: "The healthy diabetic cavefish conundrum" https://t.co/pK0oeWwDJK 洞窟に棲む個体群はインスリン受容体に変異があり、インスリン抵抗性から高血糖になっている(飢餓への適応?)が、河に…
03-31 10:26