2013/11/28

11/27のツイートまとめ

leafgreenee

RT @zooman_koichi: 最近、菌類が人気のようですね。群馬県立自然史博物館の自然史講座「地下生菌から読み解くきのこ類の収斂進化」http://t.co/jkt7zoqzrt
11-27 20:24

2013/11/25

BLAST+のインストール

このページに検索で訪れてくれている方が多いようなので、新しい情報へのリンクを貼っておきます。以下のバナーから本家サイトの Bioinformatic の目次に行き、MacでのLocal BLASTのページを参照下さい。



以下は2013年の情報です。まだ有効な場合もあるかもしれないので、ブログ上に残しておきます。

---
Mac OS X 10.8.5にインストール(2013年)

下記リンクの井上潤さんのページに従って行いましたが,いくつか変更されている点がありそうなので,覚え書きを残しておきます。
http://www.geocities.jp/ancientfishtree/BLASTplus_JI.html

-----引用-----

[jun-inoue:inoue]$ ftp ftp.ncbi.nlm.nih.gov
Connected to ftp.wip.ncbi.nlm.nih.gov.
220-
Warning Notice!

You are accessing a U.S. Government information system which includes this
....
KERBEROS_V4 rejected as an authentication type
Name (ftp.ncbi.nlm.nih.gov:jun-inoue): anonymous
331 Anonymous login ok, send your complete email address as your password
Password:[email address でも良いですが,単にリターンでも大丈夫です]
230 Anonymous access granted, restrictions apply
....
226 Transfer complete
ftp> cd blast
250 CWD command successful
ftp> ls
227 Entering Passive Mode (130,14,250,12,196,27).
150 Opening ASCII mode data connection for file list
-r--r--r-- 1 ftp anonymous 20087 May 10 2004 blastftp.txt
dr-xr-xr-x 3 ftp anonymous 32768 Jul 9 01:10 db
dr-xr-xr-x 5 ftp anonymous 4096 Feb 27 13:56 demo
dr-xr-xr-x 6 ftp anonymous 4096 Apr 19 18:49 documents
dr-xr-xr-x 10 ftp anonymous 4096 Sep 14 2012 executables
dr-xr-xr-x 2 ftp anonymous 4096 Sep 11 2012 matrices
dr-xr-xr-x 7 ftp anonymous 4096 May 9 12:06 temp
dr-xr-xr-x 2 ftp anonymous 4096 Oct 7 2011 web_services
dr-xr-xr-x 2 ftp anonymous 4096 May 24 2012 windowmasker_files
226 Transfer complete
ftp> cd executables
250 CWD command successful
ftp> cd blast+
250 CWD command successful
ftp> cd LATEST
250 CWD command successful
-----引用ここまで-----



ここまでは参照元の通り。
このあと,lsコマンドでダウンロードできるファイルの一覧が見れますが,mac用の
 ncbi-blast-2.2.28+-universal-macosx.tar.gz ではなく,ncbi-blast-2.2.28+.dmg をダウンロードしました。



ftp> ls

229 Entering Extended Passive Mode (|||50407|)

150 Opening ASCII mode data connection for file list

-r--r--r--   1 ftp      anonymous    12372 Apr  1  2013 ChangeLog

-r--r--r--   1 ftp      anonymous   182756 Jun  4 19:20 README.solaris

-r--r--r--   1 ftp      anonymous 167576531 Apr  1  2013 ncbi-blast-2.2.28+-1.i686.rpm

-r--r--r--   1 ftp      anonymous 11311115 Apr  1  2013 ncbi-blast-2.2.28+-1.src.rpm

-r--r--r--   1 ftp      anonymous 143314017 Apr  1  2013 ncbi-blast-2.2.28+-1.x86_64.rpm

-r--r--r--   1 ftp      anonymous 167568023 Apr  1  2013 ncbi-blast-2.2.28+-ia32-linux.tar.gz

-r--r--r--   1 ftp      anonymous 56884597 Apr  1  2013 ncbi-blast-2.2.28+-ia32-win32.tar.gz

-r--r--r--   1 ftp      anonymous 13468751 Apr  1  2013 ncbi-blast-2.2.28+-src.tar.gz

-r--r--r--   1 ftp      anonymous 16432579 Apr  1  2013 ncbi-blast-2.2.28+-src.zip

-r--r--r--   1 ftp      anonymous 272477554 Apr  1  2013 ncbi-blast-2.2.28+-universal-macosx.tar.gz

-r--r--r--   1 ftp      anonymous 56973053 Apr  1  2013 ncbi-blast-2.2.28+-win32.exe

-r--r--r--   1 ftp      anonymous 65109245 Apr  1  2013 ncbi-blast-2.2.28+-win64.exe

-r--r--r--   1 ftp      anonymous 143305527 Apr  1  2013 ncbi-blast-2.2.28+-x64-linux.tar.gz

-r--r--r--   1 ftp      anonymous 64865852 Apr  1  2013 ncbi-blast-2.2.28+-x64-win64.tar.gz

-r--r--r--   1 ftp      anonymous 273970314 Apr  1  2013 ncbi-blast-2.2.28+.dmg


こっち ncbi-blast-2.2.28+-universal-macosx.tar.gz は各種プログラムの圧縮ファイルで,解凍してもインストーラーが開きませんでした。.dmgの方なら,ダブルクリックでパッケージを見ることができます。

インストーラーに従って進めると,
usr/local/ncbi/blast/bin にプログラムが入りましたが,makeblastdbコマンドを実行するためには再起動が必要でした。

2013/11/09

11/08のツイートまとめ

leafgreenee

RT @NatureJapan: Nature ハイライト:活動依存的なニューロン活性 http://t.co/CWRGy84FWW #神経科学 #ニューロン
11-08 13:19

2013/11/08

11/07のツイートまとめ

leafgreenee

人工甘味料サッカリンはネズミの体重を増やす効果があり,その効果は太りやすいネズミほど強い。太っている人がカロリーゼロ食品を食べるのは逆効果?ブログ更新: http://t.co/h4txX9EHTL
11-07 11:36

2013/11/04

11/03のツイートまとめ

leafgreenee

RT @wataru2wataru: 統合失調症の発症の鍵を握るとみられる体内物質を、滋賀県立成人病センターの谷垣健二専門研究員や米国ジョンズ・ホプキンズ大の澤明教授らの研究グループが発見した。成果は米科学アカデミー紀要に掲載されたhttp://t.co/i4T9naBfLs
11-03 21:52

2013/11/01

10/31のツイートまとめ

leafgreenee

RT @wataru2wataru: 糖尿病やメタボリック症候群などの生活習慣病を防ぐ薬剤を開発し、短命な肥満マウスの寿命を延ばすことに成功したと、東京大などのチームが30日付の英科学誌ネイチャー電子版に発表した。 http://t.co/RM4siDDMJu
10-31 09:04