2013/09/30

09/29のツイートまとめ

leafgreenee

RT @the_kawagucci: 宮川教授の日本版テニュアトラックについて考えてみた - ソライツ日和 http://t.co/PGOUUS3u8k @soraitsukaさんから
09-29 18:47

2013/09/29

09/28のツイートまとめ

leafgreenee

更新: ピルビン酸カルボキシラーゼ。ピルビン酸をオキサロ酢酸に代謝する酵素。糖新生,脂質合成,グルタミン酸合成など多くの重要な生命現象に関わる。http://t.co/HxZVo11pCO
09-28 11:05

2013/09/29

覚え書き: Mac/Windowsのパスの違いとバックスラッシュの出し方

あるスクリプトをWindowsからMacに移植するとき,うまく動かないのでいろいろ見てみたら,ファイルパスの指定方法が違っていることがわかりました。Windowsでは階層の区切りに\が使われているのに,Macでは/になっています。なぜわざわざ違う文字を...

パス指定でない部分の\は変えられないので,結局目でチェックしながら全部書き換えることになりました。あまり知識もなく,詳しい人に聞いてWordでメモを取りつつ進めましたが,Word(Word Mac 2008)で\を記入できず,コピペしても円記号に置換されてしまいここでも一苦労。

しばらく時間をかけて,ことえりで円のキーを押したときに円記号とバックスラッシュのどちらを使うかというところを選択するだけでなく,Wordの環境設定-互換性に「バックスラッシュを円記号に変換する」というのがあるのでチェックを外す必要があるということに気付きました。このへんの互換性の問題も解決してくれるといいです。
2013/09/28

09/27のツイートまとめ

leafgreenee

なかなかいいと思う “@the_kawagucci: 安定性と競争性を担保する 日本版テニュアトラック制度の提案 http://t.co/JlD8dE1bX7
09-27 08:04

MATLAB覚え書き: clc はコマンドウィンドウのクリア。WindowsからMacへの移植は,パスの表示が/と\で行われているのが大きな違いだが,\nみたいな形の指定もあるので,単純に全部変えればいいというわけでもなかった。
09-27 05:40

2013/09/27

09/26のツイートまとめ

leafgreenee

論文捏造の新しいパターンだ http://t.co/CtmJC2ocS8
09-26 12:21

2013/09/26

09/25のツイートまとめ

leafgreenee

RT @kinoboriyagi: 知識としては知っているけど、同じサイズの単細胞生物と多細胞生物を並べてみると、ひどい冗談のような気がしてくる RT @Markchloro: イタチムシ(左)と珪藻(右)。イタチムシは多細胞動物、珪藻は単細胞藻類・・・ん? http://t.…
09-25 11:14

ネタにしか思えないのだが本物? “@watanade_miki: この特区では労働時間を規制せず残業代をゼロにすることも認められるようなので、早速ワタミの本社移転の検討に着手しました。私、安倍総理は現人神だと確信しました。「解雇しやすい特区」検討
09-25 01:11

NMRでは,通常直径5 mmの管に5 cm程度になるように溶液を入れる。そのため管の直径方向(xy)よりも,管の高さ方向(z)の磁場の不均一の影響が大きい。z1,z2,z3のシム調整だけで済ませることがあるのはこのためであるが,もちろんxy方向も合わせるに超したことはない。
09-25 00:27

2013/09/25

09/24のツイートまとめ

leafgreenee

まともにコメントするのも大人げないが,まさか納得する人がいないように。
09-24 21:03

長年にわたって人類が体で立証してきた天然由来のリスクと,たかだか数十年ぐらいの科学者(しかも御用学者かもしれない)の実験に基づいて政治的に定めた「基準」のリスクと,どっちが信頼できるかという問題。
09-24 20:58

尤もらしいことを書いてるが,問題点はここか。RT @f_zebra: /添加物や残留農薬、あるいは放射性物質の汚染/「管理」が可能で、基準値が定められている。天然由来のリスク(の平均)より2~3桁低い/天然由来のリスクの揺らぎより大きなリスクがないことははっきりと「分かっている」
09-24 20:55

RT @f_zebra: 一方、添加物や残留農薬、あるいは放射性物質の汚染といったものは人工物であるが故に「管理」が可能で、基準値が定められている。天然由来のリスク(の平均)より2~3桁低いところで管理されているため、天然由来のリスクの揺らぎより大きなリスクがないことははっきり…
09-24 20:52

RT @f_zebra: 食品には元々天然由来のリスクがあって、普通は管理されていないので今目の前にある食品のリスクがどの程度かは分からない。ただ、これまでの経験から普通の量を食べている限りそんなに大きな問題がないだろうということは合理的に推察できる。
09-24 20:52

RT @glasscatfish: 解糖系のアニメーション。化学構造式レベルで変化を理解したい人のために。http://t.co/lNl7CUQT6c
09-24 20:16

RT @nennpa: 大阪市はOBIが無くなってもかまわないと考えている。そういう理解でよいでしょう。その理由は「市のレベルで同等の研究所を持っている例は他にないため」。なら誇れよ。そこまで出来てることをよ?
09-24 20:03

RT @SciCafeShizuoka: 大阪バイオサイエンス研究所 関西生命科学の拠点、危機…大阪市補助金が激減 http://t.co/QCUY7cR6YF「10年間に科学誌ネイチャー、サイエンスなど世界の主要科学誌10誌に掲載された論文は計45本で、大阪大医学部などに匹敵…
09-24 20:03

iOS7にしたら字が見にくくなった気がして,老眼を疑っていたのだが,実際に細くなっていたらしい。「設定」→「一般」→「アクセシビリティ」→「文字を太くする」で見やすくなった。
09-24 10:41

更新:アルコール(エタノール)はアセトアルデヒドを経て酢酸に代謝される。酢酸は脳でグルコースのかわりのエネルギー源になるが,ヘビードランカーは脳へ酢酸を輸送する能力が高い。http://t.co/EpNoFBJcBe
09-24 08:55

2013/09/24

09/23のツイートまとめ

leafgreenee

RT @mikamiyoh: 【iOS7】超危険!パスコードを設定していないとsafariに保存されているパスワードが丸見えだぞ http://t.co/tX7V8CMp0b
09-23 20:09

RT @saruhachi: 「レビューの新しい形」を見事に提示した意欲的なレビュー、と書いた本人は思っていたが、「レビューになってない」「レビュアーは壊れている」などの感想が身内から。変態扱いされたウルド君の気持ちが少しわかった気がする。 http://t.co/mYJAmw
09-23 11:27

RT @OC100_bot: 医療系の大学1年生が覚えておくとよい有機化合物100選. 「医療系の大学1年生が覚えておくとよい有機化合物100選」 http://t.co/xIe1yuezey
09-23 07:55

2013/09/23

09/22のツイートまとめ

leafgreenee

身近にも似たような例があるのだが @産経ニュース 韓国ではそもそも消費者が国や業者、業界団体の発表を信用していない。「安心だ、安心だ」と繰り返しているそばから、不衛生な食品や危険な食品が平気で流通していることを国民が知っているからだ。http://t.co/eFynUJxXWo
09-22 23:10

2013/09/21

09/20のツイートまとめ

leafgreenee

iOS7にアップデート中。「設定」アイコンの歯車が回り出したのには驚いた。
09-20 22:03

RT @bioweb_japan: 子だくさんの「働かないアリ」と過労死する「働きアリ」 ‐公共財ジレンマの自然界での実例を発見-(PDF) - 琉球大学 http://t.co/mInblF9MSf
09-20 10:47

2013/09/18

09/17のツイートまとめ

leafgreenee

RT @akira2047: 久しぶりに「ネイバーまとめ」作りました。みのもんた氏が東京オリンピック決定前日に福島原発問題を「ズバッ」と一刀両断していた! - NAVER まとめ http://t.co/rRf5Xrk6WU
09-17 12:00

自分用メモ: Bruker NMRのLIFTボタン。ONでサンプルが空気と一緒に上の穴から出てくる。サンプルを入れる穴が塞がっているときはやってはいけない。オートサンプラーがついているときは,そっちで制御するのでこのボタンは使わない。
09-17 04:44

2013/09/17

転載:アコニターゼと鉄調節タンパク質1

TCA回路についてまとめているときにみつけたアコニターゼの解説がとても興味深かったので,日本蛋白質構造データバンク (PDBj )から関連するテキストの部分を転載します。元記事は http://pdbj.org/mom?id=89 で,こっちにはもっと図があります。

本当に知りたかったのは,アコニターゼがクエン酸を異性化する際に,アセチルCoA由来の炭素とオキサロ酢酸由来の炭素を見分けるのかどうかだったので,このへんは調べて追記したいと思います。


***ここから***

アコニターゼは トリカルボン酸回路(TCA回路、クエン酸回路) に欠かせない酵素で、鉄制御蛋白質1はメッセンジャーRNAと相互作用し細胞内の鉄濃度を制御する蛋白質である。あなたはこのように尋ねるかもしれない。この2つの蛋白質にどのような共通点があるのかと。この2つの蛋白質は別々の研究者によって発見され研究されたもので、それぞれが持つ互いに大きく違った機能を示す名前が付けられている。ところが驚くべきことに、この2つの蛋白質のアミノ酸配列を見ると、同じであることが分かった。同じ蛋白質が非常に異なる2種類の仕事をしているのである。

アコニターゼ...

アコニターゼ酵素はエネルギーを作り出す中心的反応において重要な役割を果たしている。トリカルボン酸回路の途中で、この酵素はクエン酸をイソクエン酸に変換する。アコニターゼの1つの型が、我々の持つミトコンドリアで見られる。ここではクエン酸回路のほとんどが行われる。一方類似の型が細胞質で見られ、ここでは他の合成作業に使われるイソクエン酸が作られる。右図上に示したのが細胞基質型の構造で、PDBエントリー 2b3y のものである。この蛋白質は複数のドメインで構成された1本のペプチド鎖でできている(ドメインは青の濃さを変えて区別し示している)。ドメインはくるみ割りのように閉じて活性部位を取り囲んでいる。その活性部位には鉄硫黄クラスターがあって反応を助けている。

...それとも鉄制御蛋白質1

アコニターゼの細胞基質型は鉄制御蛋白質1としても働く。右図下の構造はPDBエントリー 2ipy のもので、どのようにして完全に別の機能を果たしているかを示している。アコニターゼの中にある鉄硫黄クラスターは不安定で、外れる時に時々交換しなければならない。細胞内の鉄濃度が低くなると、鉄硫黄クラスターを再生成するだけの鉄が不足し、アコニターゼは第2の機能を行うよう変化する。蛋白質は開き、特有のメッセンジャーRNA分子の中にあるヘアピンループをつかむ。これには フェリチン (ferritin)のメッセンジャーRNAの開始部位にあるヘアピンと、 トランスフェリン受容体 (transferrin receptor)のメッセンジャーRNAの末端にある似た5つのヘアピンが含まれる。鉄制御蛋白質1が結合すると、フェリチンの形成が阻害されて鉄の蓄積が減少し、トランスフェリン受容体の構築が促進される。その結果、細胞は血液からより多くのトランスフェリンを取り上げ、同時により多くの鉄を取り込むことになる。

mom089_04.jpg

アコニターゼは、生化学の教科書で例としてよく使われる古典的で立体特異的な反応を行う。クエン酸からヒドロキシル基(-OH)と特有の水素原子を取り出し、立体化学的に正確な方法で入れ替えてイソクエン酸を作る。この反応は2つの結晶構造によって明らかにされたが、これを見るに当たって少し想像力を働かせる必要がある。なぜなら結晶構造には水素原子の位置情報は含まれていないからである。上図左に示したPDBエントリー 1c96 の構造では活性部位にクエン酸が結合している。この酵素は通常型の場合、酸素原子(ピンク色)が鉄硫黄クラスターによって、水素原子が上にあるセリンによって取り出される(両反応を緑の矢印で示した)。但し、この構造はセリンがアラニンに置き換わった変異体であるため、セリンでは存在するはずの酸素原子がみられない。2つ目の反応では、上図右に示したPDBエントリー 7acn のように、分子が反転して上下が逆になり(A-B-C と標識された位置が変わっているのに注意)、水素とヒドロキシル基が異なる場所に付け戻されてイソクエン酸ができる。
2013/09/16

09/15のツイートまとめ

leafgreenee

fc2 blogのログイン問題,自然に解決。何だったんだ?
09-15 06:55

fc2 blogにログインできなくなっている。クッキーとか全部削除してもだめ。検索するとよくあることみたいだが・・・
09-15 03:56

2013/09/15

化学シフト Hzとppm

NMRの化学シフト(ケミカルシフト)の単位まとめ

NMRでは,特定の原子(よく使われるのは1H)を励起するために,決まった周波数の電磁波をあてなければいけない。この周波数が carrier frequency で,1Hの場合約500 MHz。Hzはcycle per second。13Cは126 MHzぐらい。

原子の置かれている環境で,励起される波長が微妙に違ってくる。このずれを化学シフトという。1Hだと6 kHzぐらい,13Cだと100 kHzぐらいずれる。なので,同じ原子でも違うところにピークが出てくることになる。これを利用して,物質の構造を決定したりする。単位を見ればわかるように,化学シフトによる周波数のずれは,原子の違いによる違いよりも非常に小さい。

しかし,この化学シフトは実は構造や元素に固有の値ではなく,外部磁場に比例する。つまり機械の種類によって違う。これは非常に不便である,そこで,何かの基準を設けて,その周波数からのずれで化学シフトを表すことになっている。

1H NMRの場合,基準として使われるのがTMS(テトラメチルシラン)である。TMSのスペクトルは見分けやすいシングルピークとして現れる。たとえばこのピークが100 MHzで,他のピークが130 Hz高周波数側にあれば,1.3 ppmとなる。低周波数側へのシフトは負の値で表す。

これによって,化学シフトの値が磁場に依存しない値になった。TMSが非常によく使われるため,むしろ機械を作る際の磁力の基準にもなっている。500 MHzのNMRとは,TMSのシフトがちょうど500 MHzのところに出てくるような磁場の機械,ということである。
2013/09/15

09/14のツイートまとめ

leafgreenee

RT @5goukan: 【オリンピックの陰に隠れて次々と我々を拘束する法律が成立していくことを意識したい】藤原紀香が「秘密保全法」への危機感 ブログでの勇気ある発言をたたえたい(水島宏明) http://t.co/klj6egmSmv 藤原紀香ブログ http://t.co/
09-14 21:57

2013/09/13

09/12のツイートまとめ

leafgreenee

酸素をもらうのが酸化。電子をあげても水素をあげても酸化。
09-12 10:17

ページ内の特定の部位にリンクと飛ばすときのhtmlタグ aaaaaは任意の文字着地点に <a name="aaaaa"></a>リンクに <a href="ページのURL#aaaaa">リンクの文字列</a>
09-12 09:46

2013/09/12

著作権その2

以前,PLoSシリーズやBMCシリーズはCC-BYの立場を取っており,引用しやすいことを書きました(ここ)が,もっと詳しくまとめて下さっている方がいました。

「面白い科学記事を書くために図が欲しい!」著作権との葛藤
http://fm7.hatenablog.com/entry/2013/05/17/174309

自然科学系学術誌のRights&Permissionsまとめ
http://fm7.hatenablog.com/entry/2013/05/17/174257

PNAS, JBCあたりが,適切に引用すればRightslinkという手続き無しに図を使えそうなので便利です。ただし非営利使用に限った話で。
アフィリエイトが営利使用にあたるのかどうかは,クリエイティブ・コモンズでもはっきりした基準がないようです。これについても,PLoSやBMCは営利使用までOKなのでありがたいですね。

「NC(非営利)」アイコンのついている作品を使用しても良いですか?

何が「営利」で何が「非営利」かは、最終的には裁判所の解釈によって定まりますので、残念ながらクリエイティブ・コモンズ・ジャパンではお答えすることができません。たとえば、対価をとって販売し利益を得ている場合には、営利活動といえるでしょう。また、NPO法人やボランティア団体、学校法人などが何らの収入を得ずに行っている利用は、非営利といえるでしょう。しかし、この間にある沢山の境界事例では、何が営利で何が営利ではないのか、という判断は大変難しく、国によっても異なり、同じ国でも事例によっても異なる可能性があるため、専門的な法律アドバイスが必要になってしまう場合があります。クリエイティブ・コモンズでは、この点が明確になるよう国際的に議論を続けているところです。
もし、どうしてもご自身の利用が営利なのか、非営利なのか迷ってしまうような場合は、明らかに営利利用が許諾されているライセンスのついた作品(例えばBY(表示)、BY-SA(表示-継承)、BY-ND(表示-改変禁止) などが付いた作品)を利用することをおすすめします。そうでなければ、法律の専門家に相談するか、著作権者に直接連絡を取って、別途お問い合わせください。

More: http://creativecommons.jp/faq/#ixzz2edBkjEeV
Under Creative Commons License: Attribution

9-17-2013
誤字を修正し,リンクを追加。
2013/09/12

09/11のツイートまとめ

leafgreenee

RT @NatureJapan: 【肥満】悪いのはフルクトース | Nature Communications http://t.co/7QVKiucl27 #肥満 #メタボリックシンドローム #インスリン #グルコース
09-11 11:59

RT @Historyoflife: 読め。RT @neet_gimi: http://t.co/im4jMtcnqc 「25年かけて取り戻したもの、今、一瞬に」。記事名だけでは分からないけど東京五輪に関して非常にはっとさせられる問題提起をされているのでマジで読むべきですこれ。…
09-11 11:00

肥満や糖尿病の問題は深刻であり,近代になってから初めて平均寿命が減少する時代を迎えようとしている。
09-11 03:15

2013/09/11

09/10のツイートまとめ

leafgreenee

気持ちよく勝てそうな雰囲気になってきた。ガーナに失速感があるのがちょっと残念。
09-10 20:52

ガーナ強いな
09-10 19:51

RT @glasscatfish: 生化学の標準的な教科書に見られる誤り(但し2005年)を取り上げて解説したサイト "Biochemical howlers" https://t.co/KqaJLyRh9t代謝系中心。運営者はこの本の著者 https://t.co/q4cd
09-10 12:28

KDrive サービス中止のお知らせがきた。50 GB便利だったのに。
09-10 11:01

2013/09/10

09/09のツイートまとめ

leafgreenee

RT @HSarabande: この「知的欠陥を持つ多数派の感情論理」は、子供であれば、いじめ問題に直結する。一人が苦しんでいても、多数が面白ければいいじゃん、なんで、そこに水をさすわけ?となる。一人の苦しみの深さは、ネグレクトされる。それが、今は福島であり、福島や最終処分地の…
09-09 18:27

RT @HSarabande: 想田監督と、堀江がちょっとしたジャブの応酬をしている。こういう事例が、日本の「空気」の本質をついている。堀江が原発オリンピック問題については、長期的ではあるがクリティカルな問題をネグレクトする日本の「空気」を代表する者であり、想田監督は、それに…
09-09 18:09

RT @NatureJapan: 活動する線虫の脳 | Nature Methods | http://t.co/daXKacBiHD #線虫 #ニューロン #神経科学
09-09 12:01

2013/09/07

09/06のツイートまとめ

leafgreenee

RT @the_kawagucci: 内田篤人、本田圭佑が何も答えない件についてなぜか聞いたら?と報道陣に聞かれ「聞けないでしょ」 - footballnet http://t.co/A1g6UFk1bO
09-06 19:22

RT @Markchloro: 生物学は、真の分類(自然分類)とは、生物の進化系統に則った分類であり、それ以外の分類は価値が低いという呪縛にとらわれてる。分類の仕方は一つじゃない。進化を議論したい時は系統進化を、生態を議論したい時は生活様式や生活環境を、形態を議論したい時は構造…
09-06 01:00

RT @kamefuji: めんどくさいから記載には手を出さないけどとりあえず名前だけつけとくからあと整理しとけよ、っつーのは研究者の態度としてどうなの、と。
09-06 01:00

RT @kamefuji: 「本研究は、魚類の形態に基づく伝統的な分類体系に対して、大幅な書き換えをせまる成果です。」とドヤ顔で書き換えをせまるんじゃなくて、やるなら最後まできちんと書き換えろよってだけのハナシなんですけどね。
09-06 01:00

RT @Markchloro: 別に生物の分類体系は一つである必要はないと思うんだ。なぜか、多くの生物学者は、分類体系を一つに統一しないといけない、古くなされた分類体系は、使ってはいけないという概念にとらわれてる感じがする。おかげで、次々に刷新されてく分子系統の解析の結果に振り…
09-06 01:00

進化と分類のところ、まとめてリツイート。確かに、無意識に系統による分類が「正しい」と考えていたところがある。
09-06 00:59

2013/09/06

09/05のツイートまとめ

leafgreenee

1Hは13Cよりも63倍NMR sensitiveであり,同じ数の核があるとした場合,ピークの高さも63倍になる。
09-05 21:08

180度以上回転する意味があるのだろうか “@animame_bot: ミツユビナマケモノは首を最大270度回転させられる。”
09-05 10:44

htmlでリストを途中の数字から始めるには,<ol>内に以下のstart=数字のタグを追加すればよい。
09-05 00:06

2013/09/05

09/04のツイートまとめ

leafgreenee

RT @shimachan196905: 正論すぎて何も言えません → 五輪招致について (内田樹の研究室) http://t.co/GFIRNtKESK
09-04 12:35

2013/09/04

09/03のツイートまとめ

leafgreenee

科研費に特設分野研究が登場。可能性があるものはネオ・ジェロントロジーぐらいかな。
09-03 10:06

「最初はわからなかったけど,今はわかる」などの場合at first @ http://t.co/T0i3uNiZyN At firstは「最初は、初めは」という意味で、現在と異なる過去の状況、状態、印象などについて話すときに使います。
09-03 08:51

2013/09/03

09/02のツイートまとめ

leafgreenee

もう一つ知らなかったもの。@ Awesome!これは「すげぇ~!」というポジティブな印象のマジで?になる。誰かが自分が知らないあいだに何かをしてくれてたときとか、「え?もうやってあるの?まじで?」という感じのときに、Wow you are awesome!と使ったりする。
09-02 20:28

soundsの使い方が英語っぽい。@ アメリカポスドクの歩き方/ Wow, sounds great. 一番近い日本語は「お~そりゃすごいじゃん!」よい結果がでたとか、何かいいことがあった場合。 http://t.co/6eq7mFwwm1
09-02 20:27

RT @takeonomado: 本当にNatureからボロクソに(^_^.) http://t.co/CTFO2JRcsq 国内の御用学者の皆様は無視を決め込んでますね・・・ま、Natureに論文通るなら御用学者しなくても、世界中からお呼びがかかるよね。シャーラップ!かな?
09-02 06:05

gif, pngはイラストに,jpgは写真に向いている。http://t.co/f8H9dkMeAI
09-02 06:02

2013/09/02

09/01のツイートまとめ

leafgreenee

ヒルにも昆虫のようなfat bodyがあるのか http://t.co/5d9B7ritkW
09-01 23:48