2019/06/18

The N Terminus of Myxococcus xanthus CarA Repressor Is an Autonomously Folding Domain That Mediates Physical and Functional Interactions with Both Operator DNA and Antirepressor Protein

The N Terminus of Myxococcus xanthus CarA Repressor Is an Autonomously Folding Domain That Mediates Physical and Functional Interactions with Both Operator DNA and Antirepressor Protein

Pérez-Marín MC, López-Rubio JJ, Murillo FJ, Elías-Arnanz M, Padmanabhan S.
JBC, 279, 33093-33103, 2004

タンパク質-タンパク質やタンパク質-DNA相互作用を調べる実験はいろいろある。免沈-WB、pull-down assay、転写因子ならルシフェラーゼアッセイやEMSA。

ちょうどゲル濾過が毎日のように走っているので、これで証明できないかと思って調べていて見つけたのがこの論文。これでOKなら、キットを買うよりも簡単そうだ。

・カロテノイド生合成に関わる carB オペロンは、暗黒条件下では CarA によって抑制される。
・光が当たると、CarS が CarA と直接相互作用することによって、この抑制を外す。
・この論文では、CarA の N 末端ドメインがタンパク質同士および DNA との相互作用に重要なことを示している。

ゲル濾過の Fig. 5 を中心に解説。

A と B は基本的に同じ手法なので、A のみ。横軸が時間ではなく volume なので、左側が高分子量になる。下のパネルは CarA の N 末端部分および CarS をそれぞれ単独で流し、elution pattern をマージしたもの。上のパネルは mix。大きい分子量のピークが現れている。それぞれの分子量も正確に計算している。

Perez-Marin_2004a.png

FIG. 5. Analysis of CarA(Nter)-CarS interactions by analytical gel filtration. Shown are elution profiles off Superdex-200 in 150 mM NaCl, 50 mM phosphate buffer (pH 7.5), 1.4 mM 􏰏-mercaptoethanol, at room temperature. A, mixtures of CarA(Nter) and CarS. The corresponding His6-tagged proteins were cleaved with thrombin; CarA(Nter) was purified by reverse-phase HPLC, and CarS was purified by dialysis. B, mixtures of CarA(Nter) (as in A) and His6-CarS1. The bottom panels show the elution profiles for the pure proteins; the top panels show mixtures of the two proteins in equimolar amounts (a), or with a 2-fold (b) or 3-fold (c) molar excess of CarS or CarS1 over CarA(Nter). Note that the extinction coefficient at 280 nm is considerably lower for CarS1 (1 Tyr) than for CarS (1 Tyr and 1 Trp) as listed under “Experimental Procedures.” The apparent molecular weights calculated from the elution volumes are described in the text.

他の方法ではタンパク質相互作用を調べておらず、これが唯一のデータ。信頼性が高い手法と言えるだろう。この論文では DNA との結合も見ているが、これは放射性ラベルを使った普通のゲルシフトアッセイ。

2018/07/18

総説を査読するときの表現、チェックポイント

原著論文を査読するときの英語表現、ポイントは UB3 にまとめているが(サイドバーから Ultrabem メインまたは 3 へ行って、さらにサイドバーの「英語」をクリック)、総説の査読はレア。

まだまとまりきっていないので、とりあえずブログにメモ。次のような項目をチェック。

1. トピックの選び方。ジャーナルの方針、その分野がどのような総説を求めているかというニーズに対して、too broad であるとか、too specific であるとか。

2. 論文の引用。ちゃんと新しい論文までカバーしているか、分野の重要論文の見落としはないか。

3. 専門性と読みやすさ。対象とする読者層と言ってもいい。
"manuscript is valuable for the public to give a brief introduction on ***. However, as for the content in a professional journal, the review is strongly suggested to cover..."

4. 図表。だらだらと書くよりもわかりやすくなる場合が多いはず。

2018/05/22

Healthy ageing of cloned sheep

論文メモというカテゴリーを作りました。未整理、あまり精読してない論文についての覚え書き。情報がまとまってきたら、本家サイトにページを作るかも、という内容。

Healthy ageing of cloned sheep
Nat Commun, 7, 12359, 2016

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クローン羊を使って、核移植が老化に及ぼす影響を調べた論文。有害な影響はみられないという結論。

・ Somatic-cell nuclear transfer (SCNT) で得られた生物に対する初めての長期追跡調査。
・ ドリーを生んだ細胞株から得られた 4 匹を含む、13 匹を対象とした。7-9歳のヒツジ。
・ 血圧、代謝、関節の画像解析など。老化のパターンは、健康な個体と変わらない。
・ テロメア長が短いはず。