2019/11/12

Macへのbowtie2のインストール(古いバージョン)

Mac に Bowtie2 をソースからインストールしたときの記録。
実際は homebrew を使ってインストールすると一発なので、本サイトはそのように書き換えた。古い情報だが、消すのももったいないのでブログに保存。

新しい情報にアクセスするには、サイドバーのサイト内検索から "bowtie2" と検索して下さい。


-----
Bowtie2 manual に従い、-source.zip という圧縮ファイルをダウンロード・展開し、cap3 とかを置いている専用のフォルダに移す。

以下のように Path を指定し、まずマップ先となる INDEX の作成を試みる。
bowtie2-build -f sequence.fasta SEQ
sequence.fasta がインデックスにする配列で、リードのマップ先の配列である。-f オプションで指定する。SEQ はこの fasta ファイルから作成するインデックスの名前で、以降は SEQ というインデックス名で貼り付け先を決定していくことになる。


しかし、以下のようなエラーが 3 項目ぐらい出てくる。
File "/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/subprocess.py", line 522, in call return Popen (*popenargs, **kwargs).wait()


エラーでググって、このページ にたどり着く。Homebrew および GNU コマンドラインツール というのが必要らしいので、Homebrew のページ にある以下のコマンドを実行。
/usr/bin/ruby -e "$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/install/master/install)"


パスワード入力を求められ、多少の時間がかかる。Homebrew が無事にインストールされると、ターミナルの画面に新しく使えるようになったコマンドのリストが現れる。


.bashrc の編集
.bashrc に以下の行を追加。シェルスクリプトと vi エディタ のページを参考に。
i で編集モードへ、追加後に Esc でコマンドモードへ戻る。:wq で保存して終了。cat .bashrc で編集内容を確認できる。
export PATH="$(brew --prefix coreutils)/libexec/gnubin:/usr/local/bin:$PATH"


Python などのインストール
次は、bowtie2 のフォルダで make を実行したいのだが、これをやると色々とエラーメッセージが出てくる。
エラーメッセージと Google を参考に、以下のことを全部やると make できるようになったが、どれが本当に必要だったのかわからない。たぶん brew install bowtie2 じゃないかと思うが、確証はない。
brew install make
brew install bowtie2
brew install python
さらに、このページ から Python 2.7.13 をインストール。これは、普通にインストールパッケージをダウンロードして、それを実行する。
いったんターミナルを終了し、立ち上げる。source ~/.bashrc で .bashrc ファイルを読み込む。


make の実行
以上を行うと、bowtie2 folder に移動して make がエラーなく実行できるようになった。
確認のため which bowtie2 を実行すると、/usr/local/bin/bowtie2 となり、bin にインストールされていることがわかる。


Samtools のインストール
bowtie2 の結果を解析するためには、Samtools が便利なので、ここでインストールしておくと良い。
brew install samtools で OK。
2018/01/31

EndNote X8 にアップグレード

EndNote X7 からのアップグレードの記録。

  • X7の product key があれば、アップグレード版を1万円ぐらいで購入できる。
  • インストールには、X7 と X8 のシリアルを両方記入する必要がある。
  • インストール後、X8.2 などへのマイナーアップグレードが無料でできる。
  • Mac Word 2016, High Sierra で使えるのは、現時点では X8 のみのようだ(プラグインの話)。
  • インストールすると、とくに再起動したりしなくても、Word 2016 に EndNote X8 のタブが現れる。

個人使用の範囲であれば、1 ライセンスあたり 3 台のパソコンにまでインストールすることができる。


PC が壊れた場合に、新しい PC にライセンスを移行する方法は FAQ では見つからなかった。おそらくサポートに問い合わせることになるのだろう。



2017/12/02

Mac Word を2013から2016にアップデート後、EndNote 7.5 でCWYRを使う方法

かなり限定的な記事なのでブログに記載。EndNote に関する一般事項は


へどうぞ。

今回の状況は以下のとおり。

  • Mac Office 2011 のサポート中止に伴い、Office 2016 へアップデート。毎年使用料を払わなければならないOffice 365や、ブラウザベースのソフトは嫌い。
  • すると、EndNote X7 との連携が切れてしまった。とくに論文の文献を挿入する CWYW のプラグインを使いたい。
  • Mac OS はまだ El Capitan。Word と EndNote は、どちらも英語バージョンを使用。

まず必要なのは、

  • Word 2016 と EndNote X7 をどちらも最新の状態にすること。
  • Mac OS は Sierra 以降にアップデートしないこと。このページによると、Sierra にしてしまうと EndNote X8 が必要になってしまうらしい。

Word では Help - Check for update をしてバージョン 15.40、EndNote はどうやってアップデートしたか覚えていないが、X7.7.1 である。

基本的には Word 側で EndNote のプラグインを読み込む 作業をすればよい。Tools - Templates and Add-ins を選ぶ。

ここで CWYW がオプションとして見えれば問題ない。このように .dotm と .bundle の両方にチェックを入れれば良い。

Word2016_EndNote_1.png 

今回は、なぜかこの 2 つが見えずに以下のようなウィンドウが現れてしまう。Word 2016 用の .dotm と .bundle ファイルを + マークから探してみると、EndNote のアプリのフォルダ内に見つかるが、文字が半透明になっていて Word から選択することができない。

選択画面に Option があり、Word テンプレートでなく All files としてもやはり選択できない。

Word2016_EndNote_2.png 

ここで詰んだかと思われたが、EndNote で EndNote X7 - Customizer を選んで Add-in を再インストールすると .dotm と .bundle ファイルを選択できるようになる。

ファイルパスを見てみると、EndNote フォルダの中にあるわけではなく、Library のかなり奥深くにあるファイルである。

両方のソフトを再起動すると、無事に Word に新しいタブが作られ、EndNote が使えるようになった。残るは Sierra の問題だが、これはやはり EndNote X8 を買うしかないのか...

Word2016_EndNote_3.png 



2017/10/21

Mac の解凍ソフトは The Unarchiver が最高

このページからダウンロードできる。
https://theunarchiver.com

The_Unarchiver.png 

長らく Stuffit Expander を使ってきたけど、最近になって頻繁にエラーが出るようになった。The Unarchiver はエラーもなく、開けるファイルフォーマットも多いように思う。もちろんフリーソフト。

圧縮・解凍について言うと、変なソフトだと圧縮ファイルの中身を除くようなウィンドウが開いて、中を見ているだけなのか、解凍しているのかどうかわからない場合がある。Windows で多い気がする。その場合、解凍したいファイルを選択してさらに操作したりしなければならない。

ダブルクリックした時点で解凍が必要なのは当然なのだから、一旦中身を見るとか紛らわしいことをせずに、さっさと解凍してほしいものである。The Unarchiver はその点でもベストだ。


2017/08/30

ImageJで任意の範囲(選択した範囲)をcropしたいとき

フリーハンドツールで選択して,Image から Crop を選ぶと,四角く crop されてしまう。ここは Crop ではなく,Edit から Clear Outsite を選ぶと,結果的に選択範囲を切り取れる。

同様に,Edit から Clear を選ぶと,選択範囲の内側を切り取れる。Mac では,選択後に delete キーを押しても内側が消去される。選択自体を消そうとして,画像が消えてしまったときは焦った。選択を解除するときは,四角で選択する Rectangle tool をもう一度選ぶと,自動的に消えるようだ。