2019/06/18

The N Terminus of Myxococcus xanthus CarA Repressor Is an Autonomously Folding Domain That Mediates Physical and Functional Interactions with Both Operator DNA and Antirepressor Protein

The N Terminus of Myxococcus xanthus CarA Repressor Is an Autonomously Folding Domain That Mediates Physical and Functional Interactions with Both Operator DNA and Antirepressor Protein

Pérez-Marín MC, López-Rubio JJ, Murillo FJ, Elías-Arnanz M, Padmanabhan S.
JBC, 279, 33093-33103, 2004

タンパク質-タンパク質やタンパク質-DNA相互作用を調べる実験はいろいろある。免沈-WB、pull-down assay、転写因子ならルシフェラーゼアッセイやEMSA。

ちょうどゲル濾過が毎日のように走っているので、これで証明できないかと思って調べていて見つけたのがこの論文。これでOKなら、キットを買うよりも簡単そうだ。

・カロテノイド生合成に関わる carB オペロンは、暗黒条件下では CarA によって抑制される。
・光が当たると、CarS が CarA と直接相互作用することによって、この抑制を外す。
・この論文では、CarA の N 末端ドメインがタンパク質同士および DNA との相互作用に重要なことを示している。

ゲル濾過の Fig. 5 を中心に解説。

A と B は基本的に同じ手法なので、A のみ。横軸が時間ではなく volume なので、左側が高分子量になる。下のパネルは CarA の N 末端部分および CarS をそれぞれ単独で流し、elution pattern をマージしたもの。上のパネルは mix。大きい分子量のピークが現れている。それぞれの分子量も正確に計算している。

Perez-Marin_2004a.png

FIG. 5. Analysis of CarA(Nter)-CarS interactions by analytical gel filtration. Shown are elution profiles off Superdex-200 in 150 mM NaCl, 50 mM phosphate buffer (pH 7.5), 1.4 mM 􏰏-mercaptoethanol, at room temperature. A, mixtures of CarA(Nter) and CarS. The corresponding His6-tagged proteins were cleaved with thrombin; CarA(Nter) was purified by reverse-phase HPLC, and CarS was purified by dialysis. B, mixtures of CarA(Nter) (as in A) and His6-CarS1. The bottom panels show the elution profiles for the pure proteins; the top panels show mixtures of the two proteins in equimolar amounts (a), or with a 2-fold (b) or 3-fold (c) molar excess of CarS or CarS1 over CarA(Nter). Note that the extinction coefficient at 280 nm is considerably lower for CarS1 (1 Tyr) than for CarS (1 Tyr and 1 Trp) as listed under “Experimental Procedures.” The apparent molecular weights calculated from the elution volumes are described in the text.

他の方法ではタンパク質相互作用を調べておらず、これが唯一のデータ。信頼性が高い手法と言えるだろう。この論文では DNA との結合も見ているが、これは放射性ラベルを使った普通のゲルシフトアッセイ。

2019/06/17

キャプテンアメリカ ザ・ファーストアベンジャーの感想

最初にエンドゲームを観たときは、なんか鼻持ちならないアメリカ野郎という印象で、あまり好きになれなかった。


キャプテンアメリカシリーズの第一作「キャプテンアメリカ ファーストアベンジャー」を観て、このキャラクターも好きになった。


チャラい男がヒーローになり、ヒーローとして生涯を終えるアイアンマン。ヒーローとして歩んできた男が最後に「自分のための人生を生きる」という決断をするキャプテンアメリカ。この 2 人はまさにマーベルシリーズの中心だ。




  • もともとひ弱な青年が、超人血清を打って強くなる。時代は 1940 年代で、ナチスと戦う。ナチス側にも超人血清を打った科学者がいて、これが見るからに悪そう。
  • 愛国心に溢れたいい奴という設定。手榴弾への反応は、ベタだけどぐっときた。
  • すぐにヒーローになったわけではなく、最初はマスコット扱いだったのも可哀想で親近感。
  • エンドゲームの最後を飾った Peggy とのダンスシーン。もっとちゃんとした恋人なのかと思っていたら、あまりにピュアな関係。これも泣けた。
  • 暴漢に襲われたときに、ゴミ箱を盾にするのも可愛らしい。盾好き。例のキャプテンアメリカの盾も、自分で望んでアイアンマンの父親に仕上げてもらったもの。投げて自分のところに戻ってくるのはすごい。
2019/06/17

06/16のツイートまとめ

ultrabemub

RT @kajikent: Nvidiaが公開したお絵かきをリアルな写真に変換してくれるやつで遊んでるんだけど、精度がすさまじくて驚いてる。近い将来、絵のうまい人は A)単純に絵描きがうまい人、B)マシンにイメージを伝えるのが上手い人の2タイプになっていきそう。http:…
06-16 23:16

RT @cryptobiotech: 老化に関するブレークスルー論文が出てますね!(Cell metabolism)・血液循環するeNAMPTタンパク質を測定することで余命を予測できる。・eNAMPTを含有するナノキャリアの投与で最大寿命が15.8%延びた寿命延長も凄…
06-16 19:55

RT @Toyoshi_Toyoshi: ふと思ったんだけど、「本当に学位を取得する水準に達してない」うえに「(仮に指導しても)指導に耳を貸さない」タイプの学生に「お前に学位は出せない」と伝えた場合もアカハラ認定されるのかな?
06-16 19:55

RT @rei10830349: フィンランドの5000人に及ぶ出生コホート研究によれば、8歳の時にいじめられっ子だった人間は、その後20年間経っても精神疾患に高いリスクを抱え(ハザード比1.9;95%CI,1.4-2.5)、特に鬱病と強く関連するという。虐めの後遺症、本当に人…
06-16 19:46

2019/06/15

06/14のツイートまとめ

ultrabemub

RT @kuro1912: RでQRコード生成できるのか!ほんと何でもできるな、R。 https://t.co/IVxijnvMow
06-14 06:15

「フォト蔵」が容量無制限で良さそうだ。おすすめの写真共有サイトをまとめてみた。 - ぼくのデジタルライフ https://t.co/fKxcxbfDJA
06-14 04:29

2019/06/14

06/13のツイートまとめ

ultrabemub

横浜の白血病に対するネトウヨ勢の意見が聞こえてこないのだが、どういうことだろう。偶然で片付ける他に方法がないけど、さすがに良心が咎めるから沈黙してるのか?
06-13 08:35